90年代以后，国有企业改革主要围绕转变经营机制、完善治理结构以及国有经济的战略重组等方面进行。这个阶段的改革虽然不直接涉及国有企业与财政分配关系的调整，但财政的状况仍然与国有企业的经营状况息息相关。首先，企业上缴国家利税的情况和财政对国有企业的补贴数额仍然取决于国有企业的经营状况；其次，国有企业资产经营及管理状况对国有资产的保值、增值起到决定作用，从而影响国家的潜在财力；再者，国企改革过程中，剥离国企的社会职能、国企前期沉淀的银行债务重组国有资产流失等改革成本最终都要由国家财政来承担。
这些改革没有从根本上改变国有银行、国有企业内部的产权结构，国家财政、企业、银行仍然存在千丝万缕的联系，仍没有彻底摆脱政府的干预，利益和风险不对称、激励与约束不对称。企业拨改贷后积累了较高的负债，加之企业经营不善、亏损严重，还本付息负担日益沉重，经营十分困难。为了给国有企业解决这些困难，国家通过债转股、企业重组、剥离企业社会职能、下岗分流等措施，在一定程度上缓解了企业的各种负担，同时也引起了金融不良资产、社会保障问题的增加，形成财政的隐性风险，加大了财政的负担。
二、政策性财政风险
政策性风险是指在既定制度安排下，由于政策效应偏差，使得最终的政策效果与预先设想的政策效果不一致所引发的财政风险，不当的财政政策是财政风险由“量变”到“质变”的“催化剂”，尤其在转轨期间，由于财政体制乃至整个经济体制本身仍处于明显的变化过程中，政策作用过程和作用机理还不健全，具体的政策实施程序存在不少漏洞，财政政策执行的效果往往偏离决策者的初衷，甚至走向反面，大大增加了政府在政策实施过程中的风险。
财政政策执行期容易引发风险主要表现在：
1.政府投资的社会效益问题
中国当前政府投资并没有面向社会效益的全面提高，而是更多地关注经济效益，政府投资主体的投资界限和范围模糊，投资的效益评估缺位，政府投资没有专业投资机构具体负责。
2.地方政府债务问题
地方政府通过各种方法累积了巨额缺乏透明度的隐性债务，但官方统计数据无法真实反映中国政府债务规模，据粗略估计，目前中国县乡两级政府负债为8000亿元左右，加上省市两级政府的负债，中国地方政府负债总额约为3.4万亿元。
3.社会保障体系建设问题
财政是社会保障风险的最后承担者，收入和支出两方面支持社会保障基金。财政在以补贴的形式允许企业交纳的社会保障费在税前列支后仍不足支付的部分，必须从财政其他收入中拨付资金，尤其是目前中国社会保障中的社会救济和社会福利没有独立的收入来源，只能依赖财政支出。
三、公共财政的体制性风险
财政体制风险是指财政体制的不确定性或其自身不科学、不合理的缺陷，有可能导致某级政府或整个政府体系出现财政风险，甚至财政危机，可能会给国民经济造成损失，由此造成的损失包括体制造成的各种弊病便是财政体制风险的表现形式。
1.财政体制的历史变迁及其风险分析
统收统支体制下，中央与地方行为缺乏一致性和协同性，对支出的激励大于对收入的激励，隐含着财政风险；统一领导、分级管理模式下，分成比例一年一定，各级政府收支规模难以确定和预期，增加了收支的波动性；分级包干的财政体制下，中央地方分配关系具有很大的随意性和弹性，仍然缺乏法定性、规范性；“划分税种、稳定收支、分级包干”体制下，各地收入增长差异大，财政分配失衡；财政包干制下，中央财力下降，宏观调控能力弱化。强化了地方利益。
2.分税制财政管理体制的风险分析
中国现行的分税制财政管理体制带有明显的过渡性，省级以下财政体制并不完善，政府事权及相应支出责任范围缺乏科学合理的界定，在促进政府经济行为合理化方面的作用尚未充分发挥，地方税收体系不健全，转移支付制度不够科学、规范（中国目前的转移支付主要是采用税收返还的方式，明显不利于财政均衡地区的财力差异，越富的地区获得的转移支付越多，急需财政支持的贫困地区反而获得更少的转移支付，这样的结果一方面与转移支付制度的目标不符，另一方面又加大了不发达地区的财政风险。
财政风险的预警和防范
防范财政风险，保持财政的稳定可持续已经成为一个世界性的课题，随着中国社会主义市场经济体制的不断完善和不断频发的国际性金融危机的影响，近年来中国对财政风险的研究也日益深入，并引起了社会各个方面的关注。因此，研究中国现阶段所面临的财政风险程度、建立起一整套有效的风险预警机制势在必行。
一、财政风险的度量
传统上衡量一国财政风险，主要从三个方面进行考虑：第一，衡量一国的财政收入风险，其主要指标