（3）开发土地和新建房及配套设施的费用。
开发土地和新建房及配套设施的费用，简称房地产开发费用，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。根据企业会计准则和企业会计制度的规定，与房地产开发有关的费用直接计入当年损益，不按房地产项目进行归集或分摊。为了便于计算操作，土地增值税实施细则对有关费用的扣除，尤其是财务费用中的数额较大利息支出扣除，作了较为详细的规定。
对于利息支出以外的其他房地产开发费用，按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和，在5%以内计算扣除。
对于利息支出，分两种情况确定扣除：
①凡能按转让房地产项目计算分摊利息并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同期贷款利率计算的金额。
②凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息支出不能单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。在这种情况下，“房地产开发费用”的计算方法是，按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和，在10%以内计算扣除。计算扣除的具体比例，由盛自治区、直辖市人民政府规定。
此外，利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除；对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
（4）与转让房地产有关的税金。
与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、印花税、城市维护建设税，教育费附加也可视同税金扣除。其中：
允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照企业会计准则的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，印花税不再单独扣除。房地产开发企业以外的其他纳税人在计算土地增值税时，允许扣除在转让房地产环节缴纳的印花税。
对于个人购入房地产再转让的，其在购入环节缴纳的契税，由于已经包含在旧房及建筑物的评估价格之中，因此，计征土地增值税时，不能作为与转让房地产有关的税金予以扣除。
财政部规定的其他扣除项目
对房地产开发的纳税人，按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，按取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本之和加计20%扣除。在此，应当指出的是，此条优惠只适用于从事房地产开发的纳税人，除此之外的其他纳税人不适用。
对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，可以根据代收费用是否计入房价和是否作为转让收入，确定能否扣除。具体分为两种情况：
1.如果代收费用计入房价向购买方一并收取的，则可作为转让房地产所取得的收入计税，在计算扣除项目金额时，代收费用可以扣除，但不得作为扣除20%的基数。
2.如果代收费用未计入房价中而单独收取的，可以不作为转让房地产的收入，当然，在计算扣除项目金额时，代收费用也不能扣除。
二、房地产企业土地增值税评估价格法
评估价格法：指由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评估的价格。这种评估价格须经当地税务机关确认。税法规定，纳税人有下列情况之一者，需要对房地产进行评估，并以房地产的评估价格来确定转让房地产收入、扣除项目的金额。
1.出售旧房及建筑物或提供扣除项目金额不实的。
旧房及建筑物的评估价格是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
转让旧房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用及在转让环节缴纳的税金，可以在计征土地增值时扣除。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，在计征土地增值税时不允许扣除。
纳税人在转让旧房及建筑物时，因计算纳税需要对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算土地增值税时予以扣除。但是，对纳税人因隐瞒、虚报房地产成交价等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税时发生的评估费用，则不允许在计算土地增值税时予以扣除。
提供扣除项目金额不实的比照以上办法进行评估。
2.隐瞒、虚报房地产成交价或转让房地产成交价格低于房地产评估价的。
对纳税人因隐瞒、虚报房地产成交价等情形，应由评估机构采用市场比较价格法进行评估。首先要收集较多的交易实例，从中选出可供进行价格比较的类似房地产的实例，同时，还要对影响交易价格的诸多因素进行修正，最后才能确定出最接近于合理的价格。
房地产评估价格=交易实例房地产价格×实务状况因素修正×权益因素