首先，行政问责制认识误区亟待纠正。建立健全我国行政问责制，须对问责制有正确的认识。目前对问责制的认识还存在不少的误区：（1）把问责制简单等同于引咎辞职。问责制并不仅仅局限于引咎辞职，问责的形式与手段很多，引咎辞职只是问责制中的一种表现形式、一个方面。（2）把问责制追究的责任局限于行政责任。行政问责，政府及其官员除了必须负行政责任外，还必须承担法律责任、政治责任和道义责任。即使引咎辞职亦不能免除其他责任，尤其是不能回避追究官员的法律责任。（3）把问责制理解为只问高官不问普通公务员。在集体行动的逻辑下，政府普通公务员会认为政府行政首长享有绝对权威是当然的责任承担者，自己在组织中的影响无足轻重，无需对集体行动或首长决定的行为承担责任。在制度与个人理性与集体行动发生冲突的情况下，往往是表现为个人对集体对首长的屈从，基于制度的服从让位于基于级别的服从。（4）把问责制看成是对具体过失的惩罚。这种误解把政府与官员的责任局限于具体的事件，包括施政的重大失误，特别是重大责任事故，或政治责任事故。好像不发生事故，就不发生责任。这样的问责制追问的是具体问题的具体过错，变成一种纯粹的惩戒措施。问题的关键是，只有平时认真负责，才能减少重大事故的发生。问责制度要解决的关键问题是，如何确保政府与官员在平时就充分承担责任。而对官员因过失做出的惩戒，通常是在事故发生之后，已为时太晚。所以问责制度关注一般，惩戒则只关心事故的责任。
其次，行政问责制制度亟待完善。（1）官员问责制度化机制尚未形成。行政问责制仍处于理论研究的深化和实践中的不断探索过程中，责任追究缺乏统一标准，目前尚未有一整套规范性的问责标准、问责程序、问责范围和问责主体相应法律法规。官员问责在制度上还不够健全，问责的法律体系亟待完善统一，还没有真正形成问责经常化、日常化、制度化和程序化的完善体系。（2）问责主体界定尚存在很大欠缺。问责主体即由谁来实施问责，就目前看来，官员问责大多还是局限于行政部门内部的上下级之间内部问责。问责主体还应该包括立法机关即人大、司法机关、检察机关，民主党派以及人民团体等，在政府问责实践中这些主体的地位没有得到相应落实，其话语问责权缺失。（3）问责客体间的责任分配机制有待完善。党政之间、各职能部门之间、政府上下级之间、政府领导班子行政首长与副职之间、问责成员之间，该问哪个官员的责，被问责的官员们如何分配责任还是一个有待解决的问题。特别是在一般事故或过错、盲目决策，选人用人、“齐抓共管”、“集体决策”中失职失误失察的官员，个人责任的判定和划分更是缺乏明确的依据，往往使责任追究不到位，该问没问，最后问责不了了之，没有起到应有的作用。（4）问责的内容和范围界定不够清晰，权责不明，责任模糊。拥有清晰的权责关系是实施问责的前提，权责不清，往往导致问责不明。我国现行的法律法规对政府的权力规定往往比较清晰，而责任却相对模糊化，具体承担何种责任还是粗线条的规定，问责标准没有详细依据可考。这就造成了权责的不对等，往往是有权无责或权大责小，在实际操作上责任规定流于形式，形同虚设，使政府失责缺乏法律制约，并且问责范围过窄起不到预防效果，这必然导致公共权力的滥用和寻租行为的产生，有违责任政府权责对等的基本要求。
再者，行政问责制执行亟待强化。（1）行政问责执行局限于重大事故和安全领域，经常化和制度化程序机制和预防机制远未形成。
“引咎辞职”、“责令辞职”还仅仅限于重大安全事故和公共安全领域，仅仅是针对个别事件的，问责的把握力度和时机取决于上级领导重视的程度、媒体和公众舆论压力程度或者突发事件的“非常时期”，对其他领域应负过失责任的官员，少有纳入问责范围。由于问责太窄，行政问责制很难起到预防的作用，预防机制作用不明显，影响了官员问责制的有效性。问责制应是一个系统化的规范，是经常化、制度化的问责程序，这样才能体现和实现问责制本身应有的价值。
（2）行政问责缺乏操作性，在实际操作中就很难把握尺度。行政责任追究缺乏统一规范的问责标准、问责程序、问责范围和问责主体，缺乏可操作性，严重影响了政策问责制的执行力度，影响问责的合法性和有效性。（3）行政问责主体的人情化、利益化、关系化。人情化、利益化、关系化等种种错误的官场意识在我们国家的行政生活与政治生活中仍然是根深蒂固，严重地影响负责实施责任追究者责任意识和办事态度，进而必然会致使责任追究和问责处罚的执行力下降。
“执行和运用这些现代制度的人，自身还没有从心理、思想、态度和行为方式上都经历一个向现代化的转变，失败和畸形发展的悲剧是不可避免的。再完美的现代制度和管理方式，再先进的技术工艺，也会在一群传统人的手中变成废纸一堆。”（4）政府回应不强。政府回应是政府问责机制运行状况的指示器。