在这样的背景下，蒋介石的出兵计划和战略考虑不得不随之发生变化。当时，中国远征军仅有第一○○师孤军深入东瓜、车枝一线，其余第五军主力在中缅边境，第六军在缅东之景栋一线。3月9日，蒋介石下令第五军尚未入缅甸部队暂缓进入。随后，在与刚到任的美国派遣中国战区参谋长史迪威谈话时，一改此前的积极态度，明确表示，在仰光、庇古失守后，中国原定进至东瓜地区协助英军在仰光发动反攻的计划必须重新考虑，强调此后中国军队在缅作战“实有应用纵深配备战略之绝对必要”。
在日军猛烈的攻势中，中国已经苦苦撑守了将近5年的时光，蒋介石深知对日作战的艰辛和困难。所以，在上一年的重庆军事会议上，当魏菲尔表示英国将靠自己的力量守卫缅甸时，蒋介石只是付之一笑，他知道英国人迟早会降低调门来求他的，因而并没有停止出兵的准备。蒋介石早就预料到在异域缅甸作战情况将会更加复杂，一再告戒远征的将领们要谨慎。现在，英国既然没有坚守的意图，更没有决心，他怎么会让自己的精锐之师去充当掩护别人逃跑的牺牲品呢？面对形势的突然变化，蒋介石并没有慌乱，更没有退缩。纵深配备，谨慎出击，持久抗战，既能打击敌人，不做无谓的牺牲，又可以保障中国的大后方，这才是最符合中国利益的战略。蒋介石已经有了应变的初步计划：以腊戍、密支那等缅北重镇为后方，以位于缅北的首都曼德勒为中心，“集结主力于曼德勒附近，诱敌深入，待与交锋之后，再反攻突破之”。
对缅甸的地形，蒋介石早已熟悉，从决定派兵人缅的那一刻起，他就开始研究缅甸的地形和交通，经常在侍从室送呈的缅甸地图前沉思，构想着进攻和防御的战略部署。缅甸的中轴线就是南北贯穿它的惟一一条铁路干线，从南端的仰光起，向北依次经过东瓜、平满纳、曼德勒到达缅北重镇密支那。仰光失守，东瓜兵力薄弱，远征军的主力还在缅北，离得最近的是曼德勒。如果倾力前突，后方将会空虚，一旦战事不利，将面临孤军深入的危险。
蒋介石在3月19日与史迪威谈话中明确谈到他的这种担心，指出由于指挥难以统一，“他日有撤兵必要之时，两国军队必陷入绝对混乱之现象而肇空前之危机”。而向曼德勒一带集中，可以有充足的布防时间。仰光轻易失守已经表明英国人是不可靠的，他们只想远征军掩护他们撤退，在一切都要靠自己的力量去应付的时候，蒋介石更加的谨慎。
蒋介石这一计划，还有别的考虑：他十分怀疑中英军队的协同作战能力。中、英在指挥权和联络上均不协调，仰光失陷前，中国在指挥权上虽愿让步，但英方并不愿意指挥中国军队，不愿承担由此而来的责任。仰光失陷后，蒋又对英方不放心，不愿将远征军交给英方指挥，中、英、美在共同指挥上的协商始终未有结果。
另外英国长期殖民统治造成当地民众反感甚至痛恨英军，中国作为英国盟军，必然受到连带影响，而缅甸混乱的交通管理也将极大影响中国军队的机动。蒋介石说到，英缅军不能取得人民合作，“当地人民……多被敌人所利用，尤以僧家反英为甚。第五纵队之猖獗，几乎防不胜防。此种情形最为可惨而可危”。后来，远征军幸得缅甸华侨的帮助，杜聿明回忆远征缅甸时曾感叹过，“如果不是广大爱国华侨积极援助，我军便不免要全军覆没了”。在得不到民众支持，又是出国作战，地形生疏，天时、地利、人和均不在盟军一方情况下，慎重行事，应属必要。
把远征军集中在曼德勒地区，纵深配备在防守中俟机反攻，从蒋的立场看，还有几方面的有利因素。曼德勒扼缅北之咽喉，是缅北广大地区的屏障，同时，又是中国经缅北西向印度公路、铁路交通的枢纽，战略地位十分重要。控制住曼德勒，既可使缅北地区成为中国大西南地区的缓冲，避免日军对大后方的直接威胁，又可保住中国经缅甸到印度的对外通道，维持获得美国租借物资的国际交通线，符合中国的战略利益。换句话说，在日军攻占仰光后，守住曼德勒，就成为中国在缅作战的最大利益目标。从缅甸地形看，以曼德勒为界，以南多平原地区，以北则为山地，便于防守，对武器配备落后于日军的中国军队也更为有利。即使作战失利，中国军队以曼德勒为中心，后有密支那、腊戍等稳固据点，撤兵也比较容易。
但是，新任中国战区参谋长史迪威的想法一开始就和蒋介石有很大差异。史迪威对中国之行雄心勃勃，他一开始就没有把其在中国的位置限于蒋介石的参谋长地位上。作为一名职业军人，指挥军队建功立业，是史迪威追求的目标。3月6日，当史迪威得知蒋将把缅甸战役指挥权交给他时，如释重负，写道：“现在我不必每天早上在惶恐不安中醒来，搞不清楚我究竟能做些什么来证明我的存在价值了。那种日子实在难以忍受。”史迪威认为远征军只有立即反攻，才有取得大规模胜利的可能性，如若拖延，可能会贻误战机。
对于史迪威的进攻主张，蒋介石当然是不赞同的。3月19日，蒋介石同他谈话时指出：“我入缅部队是应取消极态度，不应过分积极