未被消灭而且随着张鲁及其部曲的北迁又把五斗米道传播到中国北方。
史载张鲁投降后曹操将他和家属带回北方令居邺城并封张鲁为镇南将军、阆中侯邑五万其五子也封侯并让自己的子女与张鲁的子女互为婚配结为姻亲。当时被迫北迁的不止张鲁一家《三国志-张既传》载张鲁降后‘太祖（曹操）拔汉中民数万户以实长安及三辅。‘而且北迁汉中民不止一次继上次之后杜袭留督汉中军事时又‘开导‘汉中百姓‘出徙洛、邺者八万余口。‘张鲁及大批汉中教民被迫北迁到三辅（长安、洛阳、邺城）之后他们利用曹魏政权宽待张鲁家族之机在它实行限制、利用的宗教政策夹缝中或明或暗地向社会下层和上层传播五斗米道。经历曹魏和西晋至东晋时五斗米道取得了很大的展。主要表现是在许多豪门士族中有了信徒出现了许多著名的天师道世家如琅邪王氏、孙氏陈郡谢氏、殷氏高平郗氏会稽孔氏义兴周氏丹阳许氏、葛氏、陶氏东海鲍氏等。
《晋书-王羲之传》载称：‘王氏世事张氏五斗米道凝之弥笃。‘同书《殷仲堪传》称仲堪‘少奉天师道又精心事神‘。
同书《何充传》亦称：‘郗愔及弟昙奉天师道而（何）充及弟准崇信释氏。‘以上传记中史家已称五斗米道为天师道表明大概在东晋中期人们对该教派已作了这样的改称。有学者认为‘五斗米道‘本是俗称其教徒自称正一道或天师道如东汉嘉平二年（173）所立《米巫祭酒张普题字碑》即有‘祭酒约施天师道‘之语。如此在东晋中期世人改称其教为天师道只是从其教内的称呼而已。
在以上众多的士族信徒中钱塘人杜子恭是其重要领。
他有很多弟子其著名者皆出身江南世家大族。《南史-沈约传》载：‘钱塘人杜子恭通灵有道术东土豪家及都下贵望并事之为弟子执在三之敬。‘沈约的高祖沈警即‘累世事道亦敬事子恭。子恭死门徒孙泰泰弟子恩传其业警复事之。‘杜子恭在世时门徒众多影响很大；死后其天师道信仰为其子孙所继承。史载其子运运子道鞠道鞠子京产京产子栖‘世传五斗米道不替‘。而且他死后很久仍受人景仰。《南齐书-孔稚珪传》称：孔稚珪之父孔灵产在宋明帝泰始中罢晋安太守随即隐居钱塘每‘东出过钱塘北郭辄于舟中遥拜杜子恭墓。自此至都东向坐不敢背侧。‘
史载杜子恭死时将教事付弟于孙泰后孙泰与其侄孙恩、孙恩妹夫卢循等以五斗米道为旗帜动了一次规模巨大的武装起义。《晋书-孙恩传》载：‘孙恩字灵秀琅邪人孙秀之族也。世奉五斗米道。恩叔父泰字敬远师事钱塘杜子恭。……子恭死泰传其术。然浮狡有小才诳诱百姓愚者敬之如神。‘孝武帝时‘稍迁辅国将军新安太守……黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑咨议周勰等皆敬事之会稽世子元显亦数诣泰求其秘术。泰见天下兵起以为晋祚将终乃扇动百姓私集徒众三吴士庶多从之。于是朝士皆惧泰为乱以其与元显交厚咸莫敢言。会稽内史谢輶其谋道子诛之。‘孙泰死后弟子孙恩继之于隆安三年（399）袭会稽江东八郡‘一时俱起杀长吏以应之旬日之中众数十万。‘‘于是恩据会稽自号征东将军号其党曰‘长生人‘。……朝廷震惧内外戒严。‘后孙恩攻临海失败赴海自沉。其妹夫卢循领其众继续战斗又经若干年至安帝义熙七年（411）广州战斗中失败卢循投水死起义最后结束。尽管后世史家对这次起义的评价各不相同但都一致承认它是受五斗米道影响下的起义因而它是五斗米道展史上的一件大事。
可见张鲁政权覆亡后五斗米道（即天师道）不仅未被消灭反而从巴蜀一隅展到北方、南方成为全国性的大教派；教徒成分除有众多下层群众外又有不少豪门士人。应该说两晋是五斗米道的深入展时期。但也逐渐暴露出一些亟待解决的问题最主要者有二：（一）与封建统治者的关系。五斗米道原起自民间主要成分是下层群众早期经书中即有一些批评社会不公、要求改变不合理现状、建立太平世界的言论如以‘三天正法‘战胜‘六天故气‘（邪气）等。因此在社会矛盾尖锐时五斗米道常成为动起义的旗帜。在太平道组织黄巾起义时汉中的五斗米道徒张修起而响应；西晋李特、李雄通过起义建立成汉割据政权；东晋孙恩、卢循起义更是加东晋灭亡的大事件。至于以所谓老君化名李弘动的起义更是‘岁岁有之‘。所有这些起义不能不使五斗米道和封建统治者的关系处于紧张状态。（二）
组织涣散科律废弛。建安二十年张鲁降曹随曹操回到北方次年卒于邺城。此后五斗米道失去统一领导各级道官、祭酒各自为政随意‘置职‘和‘授箓‘组织十分紊乱；原有的制度和戒律也被废弃道官乱收道民财帛道民不去师治赴会等现象十分普遍。
因此南北朝初年世家大族出身的寇谦之和6修静分别在北方和南方对天师道进行整顿和改造以求问题的解决。
寇谦之在北魏初年宣称太上老君授他天师之位赐以《云中音诵新科之诫》命他宣此《新科》‘清整道教‘。清整的重点就是调整天师道与封建制度的关系制止天师道徒利用天师道‘犯上作乱‘使之与封建制度相适应。他对过去已经出现的各