取了一系列强势手段。
首先，是废藩置县，日本人自己称为版籍奉还，版的意思是土地，籍就是户籍，也就是让土地和人口重新归政府统一管理，彻底结束各地藩伐势力割据的局面。
这个工作异常庞大，因为在明治政府成立之后，散落在各地的藩有280个，他们各自为政，有自己的货币和财政制度，有些还有自己的武装，如果政策过于急躁会让日本再度陷入混乱；如果太怀柔，又难免会削弱新政府的威信。
最初，木户孝允、大久保利通加上西乡隆盛分别向自己的老家长州、萨摩、肥前和土佐几个比较开明的藩主游说，劝他们交出政权。这些政治老油条不提废藩，还向藩主保证，只要交了权还有高官厚禄、良田千顷，以前你是一个藩的领导，以后你要是表现得好还能成为国家的领导人。
1869年3月，这四个藩正式移交政权。这其实很好理解，一来，明治政府基本上就是这四个藩的武士一手炮制出来的，他们都跟藩主互相信任。二来，交出政权也是表个姿态，我们支持新政府绝不是出于私心，我们是为了国家大计着想，你看，国家要我们交权我们就交。
为了兑现承诺，明治政府让藩主担任自己藩的藩知事，不仅仅仍然享有主权，还能额外拿到政府发的工资。四个藩的藩主美坏了，不仅端上了公务员的铁饭碗，还能照旧说了算，哪有这样的好事？之后，其他的藩也都哭着喊着要拿工资，当国家的公务员。当然，这个改革也不是一蹴而就，总有那么几个藩持观望态度。木户孝允等人给那些不听话的藩下了最后通牒，如果不交权就刀枪说话。
当时，明治政府也确实有实力说这样的话，长萨的力量不可小觑，他们武器先进、士兵不要命，美英的战舰都不放在眼里，还怕你们这些土财主？
在软硬兼施的策略下，到了1870年年初，日本的各个藩主都在形式上交出了政权，藩主这个名称从日本历史上彻底消失。
政治有时候就是下黑手，过河拆桥、鸟尽弓藏是各个国家政治精英奉行的经典。版籍奉还之后，在长萨的支持下，明治政府立刻建立了一支强大的皇家亲兵，这支队伍有炮兵、骑兵、步兵，论实力，各个藩的军队都比不上。天皇又搞了几次军事演习，让其他藩看得不寒而栗。
军队有了，天皇的权威也树立起来了，各个藩主，你们也该下课了！
1871年，天皇正式下令——废藩置县。所有的原藩主（知事）都搬家到东京来，以前他们一年住在江户，一年可以在自己的领地撒野，从现在开始，都要老老实实地待在首都，寸步不离。
接着，政府把原来的280个藩精简为72个县（省级区划），从中央派人到县担任知事。要说日本人的工作效率那是相当高，只用了3个月的时间就完成了这项伟大的工作。