1843年开始招兵买马的时候，他就提出“以爱民为第一义”，将之作为治理军队的首要理念，不准官兵骚扰百姓。对于这一理念的施行，他反省说：“历年以来，纵未必行得到，而寸心总不敢忘爱民两个字，尤悔颇寡。”他认为：
天之立君、国之设官，皆以为民也。吾辈居官者，与百姓交涉，只有词讼与钱粮两端。钱粮不能无浮收，但不可过于浮勒；词讼不能必听断之公允、曲直之悉当，但不可过于拖累，便算是极好之官。仆尝谓统兵而不知爱民，即百战百胜，也是罪孽；居官而不知爱民，即有位有名，也是罪孽。
国家设置官吏，目的是爱民。因此，一个好官，一个好的统领，必定爱民。不爱民，即使百战百胜，也是造孽；不爱民，即使有位有为，也是罪孽。由于曾国藩的极力维护，主动争取，百姓对湘军的态度逐渐发生了变化。1854年11月，他在上给咸丰的奏折中写道：
臣等一军所到之处，民间焚香顶祝，夹道欢迎。扎营之地，或送薪米，或送猪羊，蓄发之民，愿为侦探，愿为向导。贼匪虽严刑禁杀，百姓不甚畏忌，犹殷殷输诚于官军。视往年官兵过境，无物可供采办，无人愿为向导，气象为之一变。此民心之可恃者一也。
过去老百姓是支持太平军的，为什么现在转过来支持官军？这是值得思考的一个问题。造成这种转变的一个重要因素，我认为是曾国藩的爱民思想与爱民行为，感动了百姓。为了做到行军不扰民，曾国藩制定了《劝诫营官四条》，第一条即是“禁骚扰以安民。”条文规定：
所恶乎贼匪者，以其淫掳焚杀，扰民害民也。所贵乎官兵者，以其救民安民也。若官兵扰害百姓，则与贼匪无殊矣。故带兵之道，以禁止骚扰为第一义。百姓最怕者，惟强掳民夫，强占民房二事。掳夫则行者辛苦，居者愁思；占房则器物毁坏，家口流离。为营官者，先禁此二事，更于淫抢压买等事一一禁止，则造福无穷矣。
明确禁止骚扰百姓，不准强掳民夫，强占民房，也不准拆民房修建工事。有一支军队在皖南某镇驻扎，强拆民房门板等盖营房，当地绅士将状子搞到曾国藩那里，他专门派人去调查，事实调查清楚后，给予军事主官严厉处罚。
曾国藩极其重视爱民教育，预防军队扰民。有一段时间，湘军在江西纷纷出现扰民现象。有些地方甚至发生江西地方团练枪杀湘军的现象。为了教育湘军爱民，他亲自编写了一首《爱民歌》，教给广大兵勇背诵遵守。这首歌从各个方面教育兵勇要爱护百姓，设身处地，通俗易懂，对湘军士兵起到了良好的教育作用。当时战争处于犬牙交错、此涨彼消状态，曾国藩从民心的转化中看到了其中所蕴藏的力量，并且切实做到充分发挥与利用，成为日后胜利的根本。从这个角度来说，打败太平军的不是曾国藩与他领导的湘军，而是当时的百姓。而造成这种现象的原因又是太平军不注重民心向背维护与争取。
战争给人民带来的巨大灾害，曾国藩心中非常沉重和痛苦。1860年“繁华甲于天下”的苏州阊门外民房十馀里，先遭到金陵大营逃兵溃勇的焚烧劫抢，后又遭到太平军的蹂躏，曾国藩戚戚心痛，发出了“兵犹火也，弗戢****，古人洵不余欺”的感叹。并且说“吾辈不幸生当乱世，又不幸带兵，日以杀人为事，可为寒心，惟时时存一爱民之念，庶几留心田以饭子孙耳。”战争使百姓流离失所，家破人亡，“白骨露於野，千里无人烟”的现象比比皆是。这些在曾国藩的日记中都有记载。1863年4月22日，曾国藩在日记中记载：
皖南到处食人，人肉始卖三十文一斤，近闻增至百二十文一斤，句容、二溧八十文一斤。荒乱如此，今年若再凶歉，苍生将无噍类矣！
一次，陈舫仙告诉他，香口一带，田地荒芜，杂草丛生，家家都有饿殍僵尸，有的舌头吐出数寸，有的口含草根，上百里内，没有太平军，也没有百姓，一片荒凉的景象，到处有陈尸臭秽气息。对这种现象，曾国藩发出了“盖大乱之世，凋丧如此，真耳不忍闻也”的叹息。认为“乱世而当大任，岂非人生之至不幸哉！”他对自己兄弟选择了带兵打仗这一职业感到悔恨，但是有没有办法脱离，因此要求自己与国荃从爱民角度多做些好事。他说：
吾家兄弟带兵，以杀人为业，择术已自不慎，惟于禁止扰民、解散胁从、保全乡官三端痛下工夫，庶几于杀人之中寓止暴之意。
爱护百姓，就要切切实实为民干实事，切切实实为民谋福利，让老百姓得到实惠。由于战争、水旱灾害等因素，当时银价高涨，铜钱贬值，一石粮有的地方竟然征钱四千二百，甚至六千五百。百姓负担沉重，对此曾国藩也心急，但是没有切实的解决办法。他的态度和出发点是：“能令小民少完一分，有一分之益；贱完一年，有一年之益”。所以他尽力在减免百姓钱粮上做些好事，以减轻百姓负担。1861年，太平军进入江西南部几个州县。当时正值农忙季节，百姓为了躲避战乱，逃亡外地，土地抛耕。紧接着九江、南康等地发生严重水涝灾害，“田庐悉为泽国，人民荡析离居”