。1920年5月3日，穆藕初应北京徐世昌之召赴北京会晤。其时，吴梅正应北京大学校长蔡元培之邀，在北大教授戏曲课。穆藕初专程去北大拜访了吴梅，共同探讨保存昆曲之事。对这次拜访，穆在给吴的信中是这样写的：“此次到京，期至匆促，乃天假之缘，得亲道貌，私衷庆幸，莫可名言。先生德学双粹，造诣深邃，于发扬国学，掖进后起之至意，至诚挚，至谦仰，至慷爽，风尘中所罕见。昔贤相见恨晚之语，不啻为此次展拜我词学大家作也。”此次穆吴相见还促成了穆藕初为俞粟庐先生由法商百代公司灌制唱片，并由俞老书录13支曲牌，由穆藕初编成《度曲一隅》一书发行。
对于穆藕初资助创办昆剧传习所，吴梅也给予很大的帮助。1922年2月10日，穆藕初为筹集传习所的经费，举办了江浙沪昆曲家义演，当时，梅兰芳、俞振飞等参加了演出，吴梅及社会名流黄炎培、沈信卿、哈同夫人等参加。穆藕初也登台唱曲。对此，吴梅有《观昆剧保存社会串感言》三篇发表在《申报》1922年2月15日、16日、17日上，其第一篇感言云：“余别海上四年矣。穆君藕初来电，知有此盛举，飚轮南下，烂醉均天，洋洋乎，关雎之乱也。偶有所触，捡杂记之。首折：沈君梦伯酒楼，余仅听尾声，无从评论。犹记尾声末句，肩担日月，手把大唐扶，颇极圆亮，全折当必相称。”
对于穆藕初亲自扮演范蠡，吴梅作如下感言：“《拜施》、《分纱》二折，冷热调匀，极是好戏。惟全视演者何如也。紫东之越王，藕初之范蠡，绳祖之西施，祥生之越夫人，真可谓集贤萃秀矣。黄莺儿、簇御林二曲，本是快唱，重在二郎神数段耳。绳祖口齿清晰，固不待言。最可钦佩者，独有藕初穆君。君习曲止有二年有余，至演串，则此番破题儿也。而能不匆忙，不矜持，语清字圆，举动纯熟，虽老于此道如祥生、紫东辈，亦不难颉颃上下。信乎天授非人力矣。且集贤宾、莺啼序诸牌，皆耐唱耐做之曲，魏良辅《曲律》中亦以为难。而藕初搜剔灵奥，得有此境，乃知天下事，思精则神明，意专则技熟，独戏曲云乎哉。”从吴梅对穆藕初演唱的评价可知，穆藕初对昆剧的钻研之深。而吴梅在《申报》上连续3天发表观后感言，也可见吴梅对穆藕初办昆剧传习所的支持之力。
1934年2月，穆藕初还举办了一次筹款义演，是由上海昆剧保存社假宁波路新光大戏院演出两天，梅兰芳、俞振飞、庞京周、顾传玠等主演，吴梅为此次义演撰写序言。当时昆剧传习所已经培养了一批“传”字辈艺人，他们组成了剧团，在上海演出，吴梅经常顾问他们演出，是昆剧的热心爱护者，艺人们也都乐于演吴梅所创作的作品。
穆藕初还多次与吴梅合唱昆曲，如1934年5月12日，两人与钱昌照、顾荫亭等在钱家谈论昆剧并各唱一支昆曲。9月16日，两人在王伯雷设立的曲社合唱《定赐》一折。1935年1月6日，穆藕初与吴梅及吴梅四儿在南京吴园吃面点，后去云间同乡会，穆藕初与吴梅四儿合唱《琵琶?盘夫》一折。在1934年一年间穆与吴交往十分频繁，当时两人均在国都南京，两人同游南京名胜古迹，并与吴湖帆等社会名流尽兴共饮。而且，穆藕初的兄长穆湘瑶对昆剧也十分关心。吴梅在1934年10月17日的日记中云：“顾荫亭云，二十八日上海穆杼斋（湘瑶）来，欲改进昆剧，整齐歌谱，方知初三日王伯雷云，有人欲刊曲谱，就余商酌者，即是此公。杼斋为穆初之兄，前清孝廉，其人不知曲者也。犹记藕初习曲，杼斋笑之，何以十年后，亦善此艺，真不可解矣。”吴梅在12月3日的日记中又记载道：“紫霞社沈仲约来，云穆杼斋在京将整一曲谱，坚约晚饭，即于四儿同车去。共两桌。杼斋捐二千金，欲邀余主编。余因略谈曲理，十二时返。”穆湘瑶从最初对弟弟学昆曲觉得可笑，到为整理昆剧曲谱而捐款2000元，可见昆曲的艺术魅力。
吴梅与穆藕初由昆剧而成为至交。1929年11月10日，穆藕初夫人金氏50岁生日，王一亭、黄炎培、叶恭绰、马寅初、徐志摩、陆小曼、邹韬奋等皆制寿文、寿联、寿画，吴梅也制寿诗一首，并为《穆金氏五十寿之寿言汇录》撰序谓：“吾友穆君藕初，有贤妇曰金夫人。归藕初三十年，始约而继泰，怡怡然如一日也。藕初因贫，少时从事海关，得微赀自给，而夫人不以为苦。及自瀛海归，以商业雄沪上，踔力风发，名日益振，而夫人亦不以为荣。藕初好栽植后进，尝以巨赀十万，派遣游学欧美生十四人，夫人复力赞之。又为藕初纳簉室许氏，躬为治妆。有樛木螽斯之风。论妇德之美，无如夫人者矣。夫人五十寿辰，宗族亲旧皆制诗文，为先人冈陵之颂，于是藕初汇录成册，而征序于余。余尝谓古者妇人之职，不过治丝茧、议酒食、供祭祀耳，一若无关于大政者。不知一国之盛衰，视乎一家之良窳；而一家之良窳，又视乎妇人之劳逸。古今贤妇若鲍宣妻、若王良妻，皆能辅翼其夫为一时文人。今夫人之行义何愧夫前哲？宜朋旧中称道不弗置，而又非世俗谀辞可拟也。辱承垂绥，因就听知者述之如此，吾知藕初必展然笑曰：有是哉