2005年5月，三九集团将其所持有的三九发展和三九生化的国有法人股，分别以3500万元和2.05亿元的价格出售给浙江、山西的两家民营企业，从这两家上市公司中彻底退出，所谓的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒体报道，庞大的三九集团共有500多家企业，从总公司到分支公司共分五级管理，到第三级公司大多已出现鸟兽散的失控局面。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，赵新先的一些旧部仍占住“小山头”不放，并且相信赵新先能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将赵新先“拿下”。
无论如何，原本以为能安全着陆的赵新先在退休两年多后又成了焦点人物。
赵新先被捕的经过是这样的：
2005年11月19日，赵新先去北京颐和园游玩，那天他的心情不错，一路上让家人拍了不少照片。在出园的时候，几名警察拦住了他。第二天，赵新先出现在南方的深圳梅林看守所。它位于笔架山西南侧一个很冷僻的山坳里，四周长满细高笔直的桉树和硕大树冠的荔枝树。赵新先被关押在一间只有几个平方米的囚室里，囚室的窗口很高，踮着脚往外望，瞧得见南方浩瀚的星空。从这个地方向东走1000多米，再拐一个弯，就是当年赵新先睡过狗棚的地方。
从狗棚到囚室，赵新先走了整整20年。
【三九大事记】
1985年8月7日，赵新先率14人上深圳笔架山，创办南方药厂。
1988年，赵新先首创出租车灯箱广告和明星代言广告。南方药厂实现产值18亿元，利税４亿元，居全国500家最大工业企业的第82位。
1989年4月，解放军总后勤部向全军作出了《关于向赵新先同志学习的决定》。9月，赵新先被国务院授予“全国劳动模范”的称号。
1992年9月，朱镕基视察三九集团。赵新先的“一人机制”轰动全国。
1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌——“999三九药业”的霓虹灯广告。
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家，迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元。
2000年，三九集团的旗舰公司“三九医药”上市，同时并购江西和上海的两家上市公司，赵新先成为国有企业资本运作的第一人。
2000年4月，创办号称全国最大医药健康网站999健康网。到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。中国证监会公开通报批评三九大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％。通报还公开点名谴责赵新先。
2002年，赵新先提出在国际和国内两大战线同时出击，分别实施“麦当劳计划”和“沃尔玛战略”，后都中途夭折。
2003年5月，曼哈顿时代广场上的广告牌被悄然拆除。9月28日，媒体刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，三九的资金危机全面爆发。
2004年3月，北京召开全国两会，全国政协委员赵新先大胆逼宫国资委，声称：国有出资人是存在的，但却没有实际出资。他要求国资委为三九注资50亿元，或让三九产权明晰化。
2004年5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先的一切职务。
2005年，拥有500多家公司的三九集团呈现失控局面，“三九系”宣告瓦解。11月19日，赵新先涉嫌经济犯罪，在北京被拘捕。
赵新先出局后，三九重组成为众多重量级企业争夺的目标。上海实业集团、复星集团、德意志银行、华润集团和新世界集团等参与竞争。2007年3月，国资委决定，由央企华润集团重组三九。
【后续故事】
赵新先一直被关在看守所里，从未被投入监狱。2007年6月27日，他因“国有公司人员滥用职权罪”，被深圳市罗湖区人民法院一审判处有期徒刑一年零九个月。由于抵扣羁押时间，赵新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是说，只要他认罪，在宣判两个月后就可以获得自由。面对一审判决结果，他“在综合考虑之下”，决定不上诉。
一年后，赵新先以顾问身份加盟南京小营药业集团。该集团前身为南京小营制药厂，隶属南京军区空军司令部，于2005年被永泰投资控股有限公司采用溢价方式收购改组。此外，他还受聘担任深圳清华大学研究院中药、天然药物研究中心主任。
据熟悉他的人称，赵新先一直“心有不甘”。他认为，自己当年以不到5亿元的价格买入大龙健康城项目，并因此获“滥用职权罪”，而到2009年地价已升至20亿元，“足证这一决策的正确”。赵新先自称是“中国最老的农民工”、“三无人员”。因为军转