1996年，全国的国有企业改革进入最艰难的时刻，在民营资本及跨国资本的双向夹击下，深受体制之困的国有企业在很多领域里都出现了集体溃退的现象，不少地方财政已经无力支撑沉重的包袱。于是，“国退民进”成了现实的策略，出售或并购国有企业原本是一种被禁止或不受提倡的行为，现在也成了最可选择的出路，各地政府纷纷推出老企业改组、嫁接的新政策，企业并购风起云涌。正在扩张兴头上的赵新先无疑看到了这一趋势。他在企业高层会上说：“社会上这么多的资产闲置，是三九下山摘桃子的大好机会，千万不能错过，过了这个村，就没了这个店。”很快，三九拟订了大规模收购兼并的战略。
三九第一次“下山摘桃子”就非常成功。四川的雅安制药厂是国内生产中药针剂最早的厂家之一，到1995年底，这家老牌国有企业已经到了山穷水尽的地步，全年产值只有1000多万元，利润仅2万元。赵新先在一次出差中发现了这家企业，当即拍板投资1700万元予以收购，并委派最得力的干将入川经营。雅安厂的针剂贴上三九的品牌，通过三九的营销网走向全国市场，一年后产值就达到了1亿元，实现利税2000多万元。并购效应之显著，出乎所有人的预料。
收购雅安的成功经验顿时让赵新先雄心万丈。他认为，国有老企业的所有痼疾都是由体制造成的，只要将三九的机制和品牌注入，再加上适度的启动资金，完全可以让它们一夜之间铁树开花。1996年底，三九召开雅安经验学习会。会后，赵新先宣布成立三九投资管理公司，委派60多名干部，奔赴全国各地，专事收购兼并工作。
笔架山上号令一响，一彪人马浩浩荡荡冲下山去。在当时国内，三九品牌响彻天下，举目四顾，像它这样既有国有企业的正宗血统，又有资金、品牌和销售网络者，几乎没有几家。把企业交给三九，不但能够得以救活，而且没有贱卖国有资产的嫌疑。因此，赵新先每到一个省，书记、省长必出面接待；到了市里，更是惊动五大班子集体迎送，各地媒体更是追踪报道，热烈捧场。一些偏僻地方的企业听说三九开始大并购，便千里迢迢地跑到深圳三九总部要求兼并。河南兰考县一下子就把7家企业都“送”给了三九；在西部某省，一个酒厂的厂长下跪恳请赵新先“吃”掉他的工厂。
赵新先并购企业，主要有3种方式：第一种是“承债式”，三九把企业的资产和债务全部打包吃下来；第二种是“控股式”，三九出一部分资金成为企业的控股方；第三种是“托管式”，只管经营，不承担债务，从增长的效益中分成。总体而言，三九的并购成本非常之低。赵新先最倡导的并购理念是“输出机制不投钱”，也就是说，当地政府把企业送给三九来管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是“三件宝”：机制、品牌和渠道。湖南的郴州药厂是赵新先常常用来做宣传的例子。这家老企业是妇科中药生产基地，多年来获得的药品批号有50多个，可其经营却一塌糊涂，在被三九兼并前，年年亏损，资产负债率高达99％。赵新先兼并该厂后做的第一件事情，就是给每个职工分送一本他主编的《论三九机制》，班组学习讨论两个星期，然后在企业内推行“干部能上能下、职工能进能出、工资能高能低”的市场化管理，药厂的产品也贴上三九的商标，进入三九的销售渠道。1年后，药厂实现产值2200万元，创造利税300多万元。很显然，这样的案例跟雅安经验一样实在太富有戏剧性，足以让所有的地方官员们怦然心动。
在外人看来，三九的一次次攻城略地无疑是辉煌而炫目的。通过并购式的扩张，三九的产品从冲剂向针剂延伸，从消化类中药扩充到抗癌类、妇科类等多个门类，俨然已构成了一个中药帝国的雏形。1999年9月，踌躇满志的赵新先出席《财富》全球论坛上海年会并发表演讲，畅谈中医、中药是中华民族参与世界竞争非常有潜力的资源和最优秀的文化品牌。他提出，三九将用5年时间建成世界上最先进、最大的植物药生产企业，用10年时间把集团建成亚洲最大、最强的综合型制药企业，用15年的时间进入世界500强的行列。美联社记者问：“赵先生，您的演讲是一个脑子里的蓝图，还是战略目标？”赵新先用军人般的口吻坚定地说：“是一定要实现的战略目标。”在那次论坛上，他见到了自己的偶像——GE的杰克·韦尔奇。后者在回到美国后评论他所见到过的中国企业家时说：“他们好像是在演戏。”
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家。其中，承债式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在这种跑马圈地式的疯狂并购中，三九集团迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元，所属企业遍及全国，形成了医药、汽车、食品、制酒、旅游饭店、商业、农业和房地产八大行业，其旗下甚至包括一家华南地区最大的夜总会。
2002年，三九厂庆，赵新先吩咐重新装修厂史陈列室。设计人员在陈列室的入口处，放置了一艘航空母舰的模型