9月直4日。朱执信奉孙中山命至南洋筹款反袁。是日，抵达新加坡，随后偕邓泽如去各埠筹款。至10月1日，返回新加坡，共筹款四万余元。
9月15日。中俄及外蒙古地方当局三方恰克图会议举行第一次会议。是日，北京政府代表在中俄蒙恰克图第一次会议上声明：此次会议性质乃确定中央与自治区之交际，而俄国为之居间，与外交会议不同，会议应以1913年11月5日《中俄声明文件》及声明另件为依据。
北京政府与英国萨穆尔公司签订汉口市政修建借款合同。合同规定中方借款总额1000万英镑，用以修建汉口马路、铁桥隧道、汉水与长江之间运河、电车轨道及其他设施。借款年息六厘，分45年还清，前10年还息不还本，次五年每年还本2％，最后30年，每年还本3％。借款以汉口商场及其收入为抵押，不足时由政府负责。
北京政府拨款赈济山东水灾。半月来，山东境内阴雨连绵，潍县、胶县、昌邑、平度、高密、即墨等县，河流满溢，民房倒塌，受灾区域东西300里，南北百余里。是日，北京政府财政部拨银三万元救灾。
9月17日。北京政府鼓励留学人员归国共匡大局。
日军侵占胶州火车站，将中国警察行驱逐。
9月19日。湖北发生虫灾。湖北江汉襄阳、荆南各属30余县旱、虫灾严重，仅汉川、沔水、随县、光化四县灾民即有60万人。是日，袁世凯令财政部拨银二万元赈灾。
范鸿仙被刺杀范鸿仙是革命党上海方面武装起事的主持人。近来，本准备攻取江南制造局，但风声走漏，是日袁世凯派上海侦缉队将范鸿仙刺杀。同时捕杀准备参加起事的北方军士200余人，武装起事受挫。蒋介石等筹银700元为其善后。
9月20日。孙中山在东京召集重要干部会议。是日，孙中山在东京召开制定中华革命党方略第一次讨论会。出席会议的有：孙中山、胡汉民、田桐、谢持、许崇智、杨庶堪、廖仲恺、居正、丁仁杰、戴传贤、王统一等。孙中山任主席，戴传贤为书记。此次会议讨论中华革命党革命方略，定青天白日满地红旗为中华民国国旗。
9月21日。外交部答复德使抗议。抗议书略谓：中国中立情形与他国不同，因在中国境内，有交战国建设炮台之地，攻击时，势必破坏中立，此种情形，实与日军攻旅顺时无异。且战后俄国损失甚巨，也并未索偿。今中国政府对于山东发生之事，早已申明在先，概不负责。
山东登陆日军驱逐龙口地方税局官员。10日，日军在龙口登陆后，借口该税局与日本军事不便，强令官员离埠。是日，江海关监督致电外交部，请向驻京日使提出抗议，并要求因战事而造成的税收损失由日军赔偿。
农商部是日批准日商大仓公司曾在江西余干、进贤两县购得的90千方里矿区开采。
9月22日。孙中山致电安南总督，营救在广州湾被捕党人。8月间，革命党人梁卫平等奉朱执信之命赴广州湾，以开设“广怡华商店”为掩护，建立活动策应机关。不久事泄，广东龙济光遂要求广州湾法租界警关闭该店，引渡党人。是日，法警将梁卫平、林直勉、薛岳等九人逮捕。孙中山闻讯，急电安南总督，称此等乃******，不得引渡。事后，梁卫平等人被押解河内监狱，经多方营救，于翌年9月获释。
日公使向中国政府提出将强占胶济路全线。日本外务省训令日置益公使立即向中国政府交涉，借口军事需要，日军将占领胶济路全线，并由日本经营管理。28日，日置益就此照会北京政府。29日，中国政府外交部指示驻日公使陆宗舆向日本政府提出抗议。
袁世凯以欧战爆发以来，南洋华工陆续被遣回国，是日令福建巡按使于该省暂存候拨项下提银三万元，作为赈恤闽省回国华工之用。
9月23日。程家柽在北京就义。程家柽字韵荪，安徽休宁人。早年留学东京。后见到孙中山，即献身革命，同盟会的成立，程家柽功劳不小。北京大学曾邀聘他做农科教授，党人都认为很危险，程家柽则不顾安危接任此职，而讲学之际，时常在言外涉及三民主义。清肃亲王善耆想藉程家柽通款孙中山，诈允效革命先驱。程家柽则伪相结交，作为革命的掩护。清帝逊位之际，程家柽曾旋返南京向孙中山陈述杨庶堪的野心。后来又至北京创办《国风日报》，言论激昂，风声贯满京津。袁世凯任总统后，程家柽不屑与袁氏为缘，决定以新闻事业牖导社会，曾著《民党主义》一文，阐发周详，津沪各报争相转载。1913年春，程随孙中山游山西。程家柽奉孙中山的讨袁命令，南下与黄兴商议，又衔命赴皖赣，与柏文蔚、李烈钧等谋划军事。部署完毕，程先期密返北都，遥为内应，不料义军骤挫于江西，革命党人纷纷亡命海外，而程家柽仍坚持留在首都，与袁氏周旋。袁世凯以武力压迫国民党，且逐渐萌发帝制阴谋，于是程家柽作《袁世凯黄粱梦》一文，登在《国风日报》，袁世凯更视其为眼中钉。1913年冬，程家杆复邀革命党同志2000余人，组织铁血团