教。白兰王恰那多吉之子达玛巴拉受任元朝第三代帝师。
公元1285年（至元二十二年） 止贡噶举派为报复萨加派，引来西蒙古军队攻打萨迦寺。藏汉学者开始合作共勘佛教典籍。
公元1287年（至元二十四年） 元朝再次补查西藏人口、资源。桑哥出任尚书省平章政事、金紫光禄大夫、尚书右丞相，兼总制院使，领功德使司事。汉藏学者完成佛教典籍共勘，编成佛教大藏经目录《至元法宝勘同总录》。
公元1288年（至元二十五年） 元朝更名总制院为宣政院，成为元朝中央最高权力的行政机构之一。
公元1289年（至元二十六年） 胆巴奉召从川西回京，主持佛事及有关宗教事务。《至元法宝勘同总录》刊行。
公元1291年（至元二十八年） 忽必烈派其孙铁木儿不花率兵入藏，击败西蒙古和止贡派联军，平息“止贡林洛”（止贡寺之乱）。
公元1292年（至元二十九年） 主巴噶举派名僧邬坚巴·仁钦贝应召入京，为忽必烈作时轮金刚灌顶。
公元1295年（元成宗元贞元年） 萨迦南寺竣工。胆巴住持京师大护国仁王寺。
公元1297年（元成宗大德元年） 西平王奥鲁赤受封为“镇西武靖王”。
公元1303年（大德七年） 胆巴去世于上都。
公元1306年（大德十年） 《至元法宝勘同总录》刊入《碛砂藏》。
公元1312年（元仁宗皇庆元年） 应元仁宗之邀，西藏那塘寺格西恰喀巴拔希到蒙古地方传教。
公元1313年（皇庆二年） 元廷追封胆巴为“大觉普慈广照无上帝师”。
公元1322年（元英宗至治二年） 布顿·仁钦朱的《佛教史大宝藏论》（通称《布顿佛教史》）成书。
公元1325年（元泰定帝泰定二年） 蔡巴·贡噶多吉进京谒泰定帝，得丰厚赏赐和告知蔡巴僧俗官民诰文。
公元1328年（泰定五年） 蔡巴·贡噶多吉始编大藏经《蔡巴目录》。
公元1329年（元文宗图帖睦尔天历二年） 元朝罢功德使司，归宣政院。
公元1331年（元文宗至顺二年） 元朝设广教总管府，替代功德使司，掌管僧尼之政。元文宗派丞相衮布入藏，迎请噶玛巴·攘迥多吉和萨迦·贡噶坚赞进京。
公元1332年（至顺三年），噶玛巴·攘迥多吉抵京，为元宁宗懿璘质班等人作密法灌顶。
公元1333年（元惠宗元统元年） 元惠宗封攘迥多吉为“圆通诸法性空噶玛巴”，赐国师玉印，并授其弟子丁增桑布和格迥钦波以“司徒”名号。
公元1334年（元统二年） 元朝再次派人补查西藏等地人口、资源。
公元1336年（元惠宗至元二年） 噶玛巴·攘迥多吉再次奉召进京，于翌年抵大都。
公元1337年（至元三年） 元朝设西藏行宣政院，为京城宣政院下辖的军事性质的分设机构。
公元1339年（至元五年） 噶玛巴·攘迥多吉病逝于大都。
公元1353年（元惠宗至正十三年） 元朝封帕竹·绛曲坚赞为“大司徒”，赐诏书、印信。
公元1358年（至正十八年） 噶举派名僧乳必多吉应召前往大都，途经青海、临洮，活动于西纳、夏宗等寺，为宗喀巴授戒。
公元1360年（至正二十年） 乳必多吉抵大都，为元顺帝父子和其他臣民灌顶授法。
公元1362年（至正二十二年） 乳必多吉离京返藏。
公元1363年（至正二十三年） 蔡巴·贡噶多吉的《红史》成书。
公元1368年（至正二十八年） 土官祁贡哥星吉归附明朝。
公元1369年（明太祖洪武二年） 明朝派遣官员“持诏谕吐蕃”，要求藏区各级僧俗首领归顺明朝。
公元1371年（洪武四年） 明朝设河州卫。
公元1372年（洪武五年） 明朝中央在陕西、甘肃、青海、四川设立茶马司，把茶法马政作为军国要务，茶马互市也成为内地与藏区经济联系交往的重要形式和载体。
公元1373年（洪武六年） 明朝设西宁卫、乌思藏卫，至此，明朝将元代藏区的地方行政建制宣慰使司都元帅府改为卫。
公元1372～1373年（洪武五年到洪武六年） 明王朝册封西藏帕竹政教势力代表人物释迦坚赞和帕竹地方政权朝贡使者，标志着明王朝和帕竹地方政权建立了中央和地方的统属关系。
公元1374年（洪武七年） 明朝设都纲职，统制天下佛刹。
公元1382年（洪武十五年） 明朝设置僧录司，将都纲降为府一级的僧司长官。各府卫设立僧纲司。
公元1389年（洪武二十二年） 青海瞿昙寺三罗喇嘛桑杰扎西被朱元璋召至京城，封为西宁卫僧纲司都纲。