、因明、工巧明、历算、正字学等⒄。初创时期的噶陀寺兼容并包，新旧密法同传，又重显宗及各种文化知识的学习，培养出了一大批杰出的弟子。噶陀寺发展很快，当时坐夏时有九百名比丘和两百名沙弥，《噶陀寺志》甚至说当时聚有八万僧人。喜饶僧格之后，噶陀寺代有大师住持，逐渐名声远播。噶玛派的领袖噶玛拔希曾到过噶陀寺受比丘戒，修学大圆满法。萨班带八思巴赴内地时曾与噶陀寺住持益西崩巴共同为康区的一所新寺开光，益西崩巴还给八思巴授过灌顶，后来八思巴从内地返回时向噶陀寺赠佛塔、净水碗等内地制作的工艺品。约到十七世纪时，噶陀寺内形成信雄仁波且、格则等活佛转世系统，噶玛巴八蚌寺的司徒活佛亦是噶陀寺的活佛，对噶陀寺的经院教育多有贡献。噶陀寺子寺众多，遍布康藏各地，以及尼泊尔、不丹等国。历史上噶陀寺在宁玛诸寺中声誉颇佳，有”宁玛教法之源”、”十万虹化身成就地”等美称。
佐钦寺，又名邬坚散旦曲科林（译为邬坚禅定法轮寺），位于甘孜州德格境内。公元1685年，由成就大师白玛仁增（1625—1697年）在德格土司的支持下创建。白玛仁增生于类乌齐地方，曾依止过仁增达都林巴、五世达赖喇嘛（他也曾经给五世达赖喇嘛传法）等三十多位上师学习佛法，并云游各地，在钦浦等地闭关修习，又赴杂日神山朝拜，著有《开示大圆满因道果三义·诀窍珠篁之典》等著作。他去世后，形成佐钦法王转世系统，现为第七世。1848年，离佐钦本寺一闻距的地方建释僧大经院，开展显密经论、各种明学的讲闻、修习，现名为”佐钦释僧五明佛教学院”（释僧即释僧哈，宁玛派教法传承中的著名印度大师）。居弥旁·乔列南杰等著名学者住持讲院的教学事务，有严格的教学制度和教程。一年级至九年级学习语言文字和显宗经论，主要有藏文文法、梵文、因明学、中观学、戒律学、俱舍学等，以印度的大论为主，兼修学宁玛派大德的相关注释著作，如隆钦巴的《七宝藏论》等。九年级以上学习密法，以宁玛派的大圆满法类的灌顶、教诀为主。@佐钦寺显密并重，学僧学密法前要打下坚实的显宗理论基础。佐钦寺因有良好的讲辩制度，名声鹊起，吸引了众多的僧人前来求学，包括尼泊尔、不丹、锡金等国的僧人。佐钦寺的规模和影响也超过了宁玛派其他寺院，成为宁玛教法的传播中心。当代的佐钦寺同样学僧云集，仍是宁玛派的修学中心。
白玉寺，全称南加绛却曲林（尊胜菩提法寺），位于四川甘孜州白玉县境，1664年，由德格土司建造，当时有寺僧五百多人。迎请仁增贡桑喜饶担任住持，他是噶陀寺僧人，后赴西藏，拜仁增．弥居多杰为师，尽得其传。仁增贡桑喜饶（本人受过比丘戒）重戒律，重修行，断酒肉之饮食，著有《三律仪论》等著作。白玉寺的教法传承属噶陀寺系统，经教传承和伏藏传承并重，同时白玉寺与噶玛派的八蚌寺关系密切。在德格士司等地方势力的支持下，白玉寺不断得到发展，其子寺有一百多座。
邬坚敏珠林寺，位于西藏山南地区扎囊县境内，是宁玛派在西藏的两大主寺之一，1676年，由伏藏法主居美多杰（1646—1714）创建。居美多杰出身于宁玛教法世家，拜过多位上师，是宁玛派著名的掘藏大师，曾掘出过多部伏藏。年21岁时，五世达赖喇嘛和第斯桑杰嘉措从其闻听宁玛派教法，并为达赖喇嘛举行除障法事，他自然也得到了西藏地方政府的支持。居美多杰创建敏珠林寺，讲习宁玛派教法，使宁玛派在西藏得以振兴。敏珠林寺以传承南藏为主，同时也传习”三索尔”等传下来的经教传承和宁玛派的其他重要教法。该寺也重视传统文化知识的讲习，传授十明知识，西藏地方的一些贵族青年也常到该寺深造。敏珠林寺的藏文书法，也曾名重一时。1717年，准噶尔军队侵扰西藏时，对敏珠林等宁玛派寺院肆意破坏，杀死了著名的宁玛派译师达玛室利等人。准噶尔之乱平定之后，在郡王颇罗鼐的扶持下，敏珠林寺得以重建。历史上敏珠林寺的寺主一职，由居美多杰家族世袭，一般是父子相承。
土丹多杰扎寺（能仁教法金刚岩寺），在西藏山南贡噶县境内。初由扎西堆杰在此建艾旺觉噶寺，以传授北藏为主。后由其子仁增阿格旺波（1580—1639）于1610年在原寺的基础上建了土丹多杰扎寺。仁增阿格旺波被视为是宁玛派著名的大掘藏师仁增郭吉丹赤坚的第三代转世，第二世名勒丹多杰，即为扎西堆杰的上师。从仁增阿格旺波起，历代转世活佛是多杰扎寺的寺主，现已转至第十世。多杰扎寺是讲授宁玛派北藏的中心，兴盛时期有僧人达数千人。现在寺院规模、寺僧人数远不如从前，有近三十名僧人。
除以上五寺外，加上琼结贝日特却林寺（吉祥山大乘寺），号称宁玛派六大主寺。但是大部分宁玛派寺院无正规的学经制度，也不注重戒律，当学习了一般的法事仪轨、祭祀文等经文后，不再进一步深造。平时从事农牧生产，娶妻生子，过着一般世俗人的生活，只是到了法会期间，才到寺院里集会，举行宗教仪式。民间称他们为咒师，他们常从事治病、占卜、