宁玛派特色鲜明，教法自成系统，其传承的相关经典也是别派所无。因此，从对整个佛法体系的确立、认知，到奉行、实践的方法上，宁玛派与其他教派之间差异较大，尤其是与最后兴起的新教派——格鲁派之间。其他教派的学者，在对待宁玛派是否是纯正佛法的问题上，大致有三种意见：止贡·贝增等人曾经驳斥宁玛派教法不纯正；噶玛让迥多杰、五世达赖喇嘛等人认为是纯正之法；布敦大师、宗喀巴大师等人不加是非，平等置之，或认为本系纯正之法，只是羼杂了后人错误的见解，这是一种折中的看法。宁玛派对其他教派也有影响，如元朝时期，噶举各派逐渐吸收了宁玛派教法，两派有融合的趋势。
宁玛派将整个佛教判为九乘，即声闻乘、缘觉乘（又译独觉乘）、菩萨乘，此三乘被称为共三乘，意为普通的或共有的教法，宁玛派认为共三乘是化身佛释迦牟尼所说。其中声闻、缘觉二乘被大乘佛教称为小乘佛教，菩萨乘即为大乘佛教，此三乘的划分在北传大乘佛教系是共同认可的。按显密来分，共三乘属于显宗，宁玛派同样传习相关的经论，尤其是大乘佛教的学说。作密、行密、瑜伽密，此三乘被称为外密乘或外三乘，即为格鲁派等教派判定的四部密续中的前三部，亦是各派所共有的。宁玛派认为外三乘是报身佛金刚萨埵所说。生起摩诃瑜伽（又译为大瑜伽）、教敕阿鲁瑜伽（又译为无比瑜伽密）、大圆满阿底瑜伽（译为无上瑜伽密），此三乘被称为内三乘，认为是由法身佛普贤所说。内三乘相当于四部密续中的无上瑜伽部，但所包含的密法是宁玛派所独有的，即属于旧密（一般以为传自前弘期）。
据《德格宁玛密续详目》@记录，生起摩诃瑜伽部分的经典有《幻化》类，十八部陀罗尼经，修部八语教伏藏类及经教修法八部：文殊身、莲花语、真实意、甘露功德、橛事业、差遣非人、供赞护法、猛厉诅咒。
教敕阿鲁瑜伽部分的经典有《瑜伽成就续大乘经》等根本四经，及《一切见之王·大普贤自有之续》等十九部密续。
阿底瑜伽部分又分为五大部分：央底、吉底、诀窍部、界部、心部。央底部分有《离戏大明义之续》等三十多种密典。吉底部分有《万有合和甘露精华滴断轮回之续》等十四部密典。诀窍部又分为极秘无上类、秘密类、外类、内类，极秘无上类有《无字大密续》等十部密典，秘密类有《精滴大普明之续》等十部密典，内、外类有《大宝中阴显现之续》等十四部密典。界部有《大界广博王续》等十二部密典。心部又分为如来藏类、心下部十八类、心部总类。其中如来藏类有《一切法大圆满菩提心大力之续》等九部密典，心部总类有《密续王金龟金刚乘根本续》等二十七部密典。
内三乘是宁玛派最为重视和独有的密法，界部、诀窍部、心部均属宁玛派核心教法大圆满法，但各有传承。宁玛派认为心体本净，此心性自体性空为法身，自性光明为报身，大悲普照为化身。此本净心性上，三身一切功德，任运圆满，现有世界、生死涅槃，一切诸法悉于此灵明空寂之内，圆满无缺，故名圆满，解脱生死以此法为胜，故名大。”大圆满主张顿悟一心，即悟此现前本体清净，本性光明的这个心。”⑿大圆满心部重心体本净的空分，”谓随见何境，唯是自心，心性现起自然智慧”⒀。界部重心性光明的明分，”界部者，是运用玄妙枢要，离去缘依，无有功用，任运而住，由甚深明了妙智双融，成就虹体金刚身，是修法中之最胜者”⒁。诀窍部，主要有大圆满空行心髓和无垢友心髓等传承。诀窍部旨在了知一切法皆是本无生灭之自然智慧所自显，分彻却（译言断坚）和妥噶（译言超顿）两大要门，”上根利智无修无证，由此而住，自见自性，自然而成者名为彻却；上根利智具大精进，得见自心之后，勤修猛进，随修现见自性三身，空无蕴而成光明之身者，则名妥噶。”@
大圆满法，按因、道、果来言之，则因者，真心之体清净无垢、空寂光明，又名最初实相、自然智慧，未被轮回涅槃之一切分别心所染污，实相明露，未曾迷乱。道者，”此当下觉明，坦然放下之时，离去善恶无记诸分别。空寂湛然，如彼晴空中央”⒃。果者，指现证法界，成就三身。大圆满法所提倡的心性本净、证悟自性、无所作意等对心体的认知和实践方法，与禅宗有相似之处，但其成就三身、虹体之修等密法是禅宗所无的。大圆满修习之果虹身，是将肉身化为光明身。宁玛派史籍中，多有修成虹身的记载。
五、寺院与僧人
宁玛派在全藏区的寺院有七百多座，数量在各派中位居第二，其中不少寺院在历史上宗教地位显赫，有的至今仍在藏传佛教信仰地区享有社会地位。西藏宁玛派的寺院有三百四十多座。
噶陀寺，位于四川省甘孜州白玉县河坡乡，由噶陀德希·喜饶僧格初建于公元1159年，两年后寺院建成，尊者四十岁时修建了阴山讲授院、阳山静修院，在寺院开展内外明的讲习。内明即佛法，包括戒律、般若、中观、俱舍论，及菩提道次第、喜金刚、道果、那若六法、时轮，宁玛派的经、幻、心三部等。外明有声明