1938年12月18日，汪精卫以“赴滇讲学”为名飞往昆明，19日下午，由昆明飞往越南河内，开始了他的“曲线救国”之旅。据汪派人士说，汪精卫已将全部“和平运动”的计划告诉了龙云，还得到龙的赞同。汪精卫在发表“艳电”投敌之后，其爪牙们也不断宣称，龙云是可能“响应”的重要人物。
虽然龙云在汪出走当日就电告了蒋介石，后来又就此事做专门报告，但在外敌紧逼，内部分裂，流言四起的环境下，蒋介石是不可能不怀疑龙云的真实态度的。
在此期间，蒋介石曾先后派遣李烈钧、唐生智来云南考察，实际上是监视龙云。不过，考察后唐生智给蒋介石的报告认为，龙云抗战态度是坚决的，“拥护钧座，始终不渝”，与汪精卫叛逃事件并无牵连。唐生智的报告并不足以使蒋消除疑心，何况，削弱龙云势力解除云南半独立的割据状态是蒋介石素来的愿望。汪精卫经由昆明出逃的事件，不过是加速了蒋介石控制云南的步伐。
龙云也在防备着蒋介石。滇军主力部队被调往抗战前线后，滇中军力空虚，为了加强云南防护，龙云不顾蒋介石“国防归中央”的规定，又组编了7个步兵旅，但是这并不能阻止中央军开进云南。
1939年冬，日本人侵桂南接着侵入越南，中国经越南的交通线被截断。为了保卫云南大后方及缅甸这条国际交通线，1940年9月，蒋介石下令抽调第一集团军总司令卢汉率原第六十军的一八二、一八四两个师及第九集团军司令关麟征率领第五十二军开入滇南，沿滇越边境布防。这是蒋介石的中央军首次进入云南，熟悉蒋介石为人的人也知道这是他为吃掉龙云而下的第一步棋。蒋介石为了消除龙云的顾虑，任命龙云为军委会昆明行营主任，并允许龙云新成立一个军（第九十三军）。
1941年，中英达成共保滇缅国际交通线的协议后，蒋介石调集大量部队到云南边境，出于抗战大局的需要，龙云再次同意中央军入滇。当时，驻扎在云南的蒋介石部队主要有三个部分：国民政府军事委员会驻滇参谋团（以林蔚为参谋团长）的部队，昆明防守司令（初为宋希濂，后为杜聿明）的部队，准备人缅的远征军。1943年4月，蒋介石又成立了以陈诚为首的远征军司令长官部，设在滇两楚雄，把楚雄以西的军队指挥权从昆明行营（原行营主任为龙云）划分出来，削弱了龙云的实力，并且楚雄在昆明附近，可以就近监视龙云。
蒋介石利用中央军人滇来解决龙云的用心是十分明显的。他常常向在滇的亲信面授机宜，要求他们秘密监视龙云的动向。他曾对宋希濂说：“你到昆明后，首先要了解云南的情况，搞清楚昆明附近的地形，对各重要据点要确实控制，随时提高警惕，并与王叔铭（时任昆明空军司令兼空军学校教育长）密切关系。”中央军进人的同时，许多军统特务也开进云南活动。
就是通过这样一步一步的行动，蒋介石把他的势力逐步渗透到云南的各个领域，龙云的力量不断受到排挤。但蒋介石想解决龙云。彻底控制云南的图谋一直未能得逞。但抗战一胜利，蒋介石就利用机会用武力把龙云请到重庆任军事委员会参议院院长，从而在表面上了控制了云南。但滇系的几十万大军和地方势力依然存在，一番波折后，只好任命滇系第二号人物卢汉继任云南省政府主席，云南政权仍然落在滇系手中。
在龙云领导下的云南为抗日作出了巨大贡献。滇军先后在鲁南、武汉、湘北、赣北及滇南作战，“均能忠勇奋发，一往无前，弹雨枪林，伤亡枕藉”。据统计，在抗日战争期间，云南派出滇军支援前线抗战约近40万人，伤亡约10万人。龙云自己也曾表示：“滇省原为贫瘠之区，但国事如此，誓以将政府历年所蓄，及民间所有公私力量，悉数准备贡献国家”，而无怨言。
但是，这并没有赢得蒋介石的信任。相反，蒋介石不断排挤龙云的力量，在云南安插自己的亲信，密布特务，监视龙云的举动。云南“中央化”的过程中，蒋介石并没有获取地方实力派的人心。
蒋介石排斥异己的做法促使龙云政治思想发生转变，在抗战中，龙云暗中支持抗日民主运动，促进了昆明民主堡垒的形成。蒋介石把龙云赶出了云南，不仅没有解决云南问题，反而是促使云南及其他省份的地方实力派背蒋而去，加剧了蒋介石政权的离心力。
3．为退向西北做准备
西北有着辽阔的地域和十分重要的战略地位。不过，多年以来，中央政府在这里的统治却又是最薄弱的。同时，在这片土地上，民族、宗教问题错综复杂。蒋介石非常重视西北，抗战以前就派遣胡宗南率中央军主力镇守两北。全面抗战爆发以后，西北有着双重的意义，即作为一条重要的国际通道和西南地区的门户。正因为如此，自1940年以后，蒋介石不断加强西北的军事力量。
蒋介石将胡宗南的第十七军团扩编为第三十四集团军，他给胡宗南制定了“东御日寇、北制共匪、西防苏俄、内慑回马”的16字战略方针。为了加强空中防御，蒋介石同时下令在河西之玉门、张掖，青