一、奠都南京
1．南京国民政府的建立
四一二反革命政变后，蒋介石控制了以沪宁为中心的东南地区。1927年4月14日，蒋介石在南京召开在宁的中央执委和中央监委会议，会议决定于次日在南京召开国民党二届四中全会。4月15日，会议如期举行，当时，国民党中央执监委共有50余人，而在南京的中央委员仅有张静江、李石曾、吴稚晖、蔡元培和蒋介石等10人。由于不够法定开会人数，会议遂改名为谈话会。此次会议否认了武汉中央党部和武汉国民政府的合法性，决定在南京重建国民政府。
1927年4月17日，蒋介石在南京召开了国民党中央执行委员会政治国民政府奠都南京典礼会议，会议接受了胡汉民的提议，确认南京方面为国民党中央的正统，在蒋介石的提议下，会议增选萧佛成、何应钦、蔡元培等9人为中央政治会议委员，推选胡汉民为中央政治会议主席。
4月18日，根据国民党中央政治会议第73次会议决议，南京国民政府在丁家桥前江苏省会议厅举行了成立典礼，这标志着以蒋介石为代表的南京国民政府正式成立。蒋介石、吴稚晖、张静江、胡汉民、柏文蔚、蔡元培等出席了庆典仪式。在成立典礼上，蔡元培代表国民党中央党部授印，印文为“中华民国国民政府”，胡汉民代表国民政府接受这方大印。在随后发表的演说中，胡汉民表示一致拥护蒋总司令，以巩固革命阵营。
这次会议还宣布胡汉民、张静江、任朝枢、古应芬等人为国民政府委员。南京国民政府的人员构成如下：古应芬任财政部部长，伍朝枢任外交部长，钮永建为秘书长。从南京政府委员的构成来看，有的是国民党元老，有的是金融界的巨头，有的是北洋军阀的政客、遗臣，也有国民党内的后起之秀，成分复杂，但有一点是共同的，这些人都与蒋介石有着特殊的个人关系，与他有着共同的利益。
在国民政府成立的当天，蒋介石在庆祝国民政府建都南京欢迎宴席上发表了长篇讲话。蒋介石强调了南京国民政府的合法性，重申了其反共反苏的一贯论调，他列举了鲍罗延所谓“压迫欺骗我们”的事实，要鲍罗延自己回到苏俄去，号召大家以快刀斩乱麻的方法，把国民党内的共产分子清除出去。随后，他在南京大操场举行的国民政府建都南京阅兵典礼上作了长篇训话，要全体将士在他的领导下实行清党运动。
南京国民政府成立后，在随后发表的国民政府宣言中声称定都南京是受国民党中央党部和民众的委托，是依据中央政治会议决议而决定的，提出了南京政府护党救国，实行国民革命之方略四条，即，使国民革命愈与人民密切的结合，造成廉洁的政府，提倡保护国内的实业，保障农工团体的利益并扶助其发展。在公布的国民革命军全体将士文中，大力鼓吹蒋介石的忠贞勇敢，创造了国民革命军，宣布以军事全权托付给蒋介石，要求全体将士接受蒋介石的指挥。
4月21日，蒋介石以国民革命军总司令名义通电，将国民党军事委员会从广州迁到南京办公。随后就成立了吴稚晖为主任，刘文岛为副主任的国民革命军总政治部，召集了陆海军军事会议，何应钦、白崇禧等人联合通电表示拥护南京国民政府。
南京国民政府的成立，标志着蒋介石在中国大陆长达20余年统治的正式开始。
2．调整与汉方和冯方的关系
南京国民政府成立后，国民党分裂成南京国民政府和武汉国民政府两个并立的中央政权。南京方面自恃反共有功，觉得应由他们继承国民党的正统，武汉方面则摆出国民党元老的资格，认为自己是国民党统治的当然继承者，西北的冯玉祥则在这种政治格局下迅速上升到有利的地位，三方围绕各自的利益展开了激烈的争夺。
武汉方面，共产国际代表罗易认为，讨伐蒋介石远比北伐更为重要。汪精卫、唐生智也主张张东征讨蒋，但各有自己的打算。唐对长江下游的江浙地区财源十分垂涎，他认为只有东下驱蒋，占据江浙，才能“找出一条财政上的出路”。汪精卫则是企图打垮蒋介石，自己取而代之。
与汉方相比，宁方政治、军事上均无优势可言，内部斗争也不逊于汉方，当时蒋辖有的约12万军队，嫡系只占很少的一部分，多数是地方实力派如桂系、粤系等，有些是收编不久的北洋军阀部队，蒋介石要做的就是如何巩固这种并不牢固的联合。至于征服武汉国民政府，蒋并不具备军事、政治等各方面的现实可能性，所以在南京政府成立之后，蒋介石还是将重心放在北伐之事上。
蒋系一派中，桂系是北伐的坚定支持者，桂系坚持北伐，关键在于不愿为蒋作西征的前驱。其时，北伐并非明智之举，北伐三支力量汉、宁、冯，只有宁方独自北进，实有孤掌难鸣之势。
但由于桂系在南京国民政府中占有举足轻重的地位，蒋介石不得不对其做出让步。6月19日，蒋下达继续北进的攻击令。23日，宁军开始向鲁南一带进军。然而，攻势刚刚展开，27日，蒋介石以汉方准备东征，南京方面应予防范为由，