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东征未捷，孙中山于1925年3月12日病逝于北京。这时，远居滇省的军阀唐继尧蠢蠢欲动。原来1923年孙中山重建大元帅府时，曾请唐出任副元帅，不料为唐拒绝。及孙中山病逝，唐以为可以一举吞并广东，遂于3月18日发表通电，宣布就任副元帅之职。企图以孙中山合法继承人自居，篡夺南方政府权力。唐还声称，要率兵10万，进驻广东。国民党中央执行委员会明令驳斥了唐的所谓“就职”通电，并声言讨伐。
唐还籍此引诱杨刘叛变，他允许杨希闵返回云南大理招兵，而杨则表示“拥唐入粤”。刘震寰亲赴云南，催促唐军早日动身。此时，陈炯明、林虎、邓本殷、申葆藩等，也公开或暗中向唐示好。
恰与此时，东征军远驻东江，广州十分空虚，杨、刘认为正是起兵的绝佳时机。4月初，刘震寰发表通电，指责国民党中央通电讨唐为“不当”之举。5月初，杨希闵潜赴香港，会见段祺瑞的代表和唐继尧。唐以副元帅名义，委刘震寰为广西军务督办兼广西省长，并认可段祺瑞委任杨希闵为广东军务督办兼广东省长。
是月中旬，联唐派在香港皇后酒店开会，杨希闵、刘震寰、马素、陈廉伯出席会议，唐继尧、段祺瑞、林虎、邓本殷以及香港当局均派代表参加会议。会议决定由马素与香港政府接洽，由港英提供军火；由杨、刘在广州发难，推翻广州政府。杨希闵即自任滇桂联军总司令。
杨、刘叛乱的事情败露后，代理大元帅胡汉民和汪精卫等人主张向杨、刘妥协，曾派出邹鲁作为代表，前往香港劝说杨、刘二人回穗，共商大计，表示如果需要，可以改组大本营，以满足两人的政治要求。杨、刘二人不仅没有接受，反而狂妄地让邹鲁转告胡汉民：“你要打的话，我让你打三天不还手。”
4月27日，廖仲恺、许崇智、蒋介石、加伦等在汕头市桂园秘密磋商，决定东征军回师广州，讨伐杨、刘，由廖仲恺先行返回广州，布置一切。5月13日，汪精卫由北京南下，抵达汕头市粤军行营总部与廖仲恺、许崇智、蒋介石、朱培德、加伦就讨伐杨、刘一事交换意见，鉴于“省局危急，宜克日戡定”，决定放弃潮梅，班师回穗，并推定蒋介石任军事总指挥。
会后，蒋介石命令各官长及下属士兵就编制变更、联络规定、勤务改良、材料添减、职权划分、职务规定、补充招募、俘虏及战利品之处置、调遣升级、赏罚休假等项，提出意见，以更好地加强部队建设。并对劳勋卓著者，秉公褒奖，对临阵脱逃者严加惩罚，以正军心。