的虔诚而喜悦，并且决定不再毁灭人类。然而人类并没有忘记对神之领域（自然科学）的探索，在复兴之后，大多数人类仍旧十分愚昧，只有石工（Mason）仍旧掌握着自然科学和几何学的秘密，根据这些知识他们知晓了人只不过是神的“不完善的复制品”。石工们发现如果通过自身努力，就可以克服人类自身的精神和肉体上的缺陷，从而回归神的领域。 挪亚的不孝之子中有一个儿子叫古实，古实有一个儿子叫宁录（Nimrod，传说中最强大的猎人），宁录是巴比伦的国王。当时石工们从四面八方聚集到巴比伦，开始建造一座通天塔，也就是传说中的巴别塔（Turris Babel）。宇宙的伟大建筑者这一次采用了一种幽默的手法进行惩罚，搅乱了他们的语言，于是他们荒废了造塔的工程而散布到世界各地…… 而这些石工们从此不再将伟大的学问透露出去，他们组成秘密结社，采用口令暗号和秘密的握手方式表示身份、同时区分在团体中的级别和工作中的职务。这些“自由石工”在耶路撒冷建造了所罗门王的神殿，他们在古希腊被称为丢尼修建筑团，他们在中世纪为基督教徒建造教堂和各种大型石造建筑。石工们严守组织秘密，在建筑工地旁开设的集会所（Lodge）进行聚会，交流知识，他们信奉宇宙的伟大建筑者，通晓宇宙天文、人体解剖学、几何学的浩瀚知识，他们互相称为“兄弟”，奉行兄弟友爱、同舟共济。 1738年出版的《完全的共济会概况》中的版画《石工作业》，描绘了建设古代神殿的石工，左下角折断的柱子象徵着共济会传说中希兰之死（栋梁的折断，象徵着“哲学的死亡”和“理性的新生”），太阳和月亮代表所罗门神殿的两根铜柱，象征世界和人的二重性。
英国最早记载
而共济会褪去传说的迷雾，正式出现的最早记载始于1717年的英国。1716年之前，伦敦的四个小酒馆中聚集着贵族和高级神职人员，举办类似高级俱乐部的聚会，内容多半是社交活动、娱乐和饮食为主，这些人是近代共济会的真正创立者。1717年6月24日“圣约翰日”（圣约翰是共济会古典派的守护圣人），四个会所（Lodge）的共济会会员（Mason）联合成立了第一个总会所（Grand Lodge），会员投票选举安松·塞亚为第一代总导师（Grand Master）这一天也就是近代共济会运动的开端。而这一时期也正值传奇的蔷薇十字运动的影响消退之际，近代共济会摆脱了石工团体的“实践性的石工”性质，成为“思想性的石工”、亦即投身社会改革的政治团体。
当时共济会在英格兰和苏格兰一共只有约700名会员，很快更多的志愿者希望入会，原来的那种沙龙性质的聚会已经不能管理如此之多的新会员，为了制订内部的条约规则，共济会于1721年开始筹备编纂自己的宪章。总会所委派新教长老派牧师詹姆斯·安德森完成这项工作，安德森根据共济会的古代条文《传统宪章》进行编纂，在1723年（共济会历5723年）出版了《共济会宪章》，这部宪章分为历史、责任义务、通则三个部分。
成立初期属于一种秘密结社
共济会并非宗教，在成立的初期属于一种秘密结社，允许持有各种宗教信仰的没有残疾的成年男子加入，但志愿者必须是有神论者（可以是犹太教徒、基督教徒、印度教徒等）。近代共济会对于神的解释来自柏拉图的《理想国》中对造物主的阐述，他们认为神是一位理性的工匠（理性的人格化），而宇宙是神－“宇宙的伟大建筑者”创作的手工品，宇宙的秩序（作品的外形）来自神赋予的理性，这个外在的宇宙称为大宇宙（Macroco**）；而每一个人类都是宇宙的影子也就是神的复制品“小宇宙”（Microco**），然而由于材料的先天性的缺陷，这个复制品总是不完美的。然而如果人能够以理性为准绳，以道德为工具，不断地修正自身精神上的缺陷，那么最终人能够凭借自己的努力完善自身，也就是完成了“内在神殿”的建造，成为完美的“石工导师”并且进入神的领域。共济会会员（“石工”）建设“所罗门神殿”的过程象徵着人追求理性和自身完善的过程，在当时的社会背景下是一种先进的思想观念。通过奉行理神论的理想，共济会发起了启蒙运动并且在不到50年时间里迅速扩散到西欧、中欧和北美，建立起可以和天主教会匹敌的巨大体系。伏尔泰、孟德斯鸠、歌德、海顿、贝多芬、萨德侯爵、莫扎特、腓特烈大帝、华盛顿、富兰克林、马克·吐温、柯南道尔、加里波第、牛顿、爱因斯坦……无数共济会会员的名字如同星光一般闪耀在西方近代史的夜幕之中。
共济会的理神论明显继承了诺斯提教派的宗教思想（Gnostici**，基督教公开时期和基督教进行斗争的各种希腊化教派的总称，公元1世纪兴盛，4世纪因基督教压力而崩溃，剩余势力成为秘密宗教）。在隐蔽了将近1300年之后，天主教会再次面临强大的挑战，这令教廷十分恐惧。1738年，教皇克莱门斯12世命令禁止天主教徒加入共济会，违反者将被教会开除（共