疏中，还提出了两个重要的军事改革内容，一是废除“以文御武”，实行“集体领导”；二是废除兵民区别，实行“全民皆兵”。
这分明是石破天惊的味道！
大明按照“以文御武”的体制，逐渐形成了兵部——总督——巡抚（兵备副使）——兵备道——地方府、州、县等一整套的文官军事指挥体系。
四川总督一般由秦楚总督兼领，四川主兵、客兵的实际领兵权都在四川巡抚手中。
四川巡抚之下，有四川兵备副使为贰。
四川兵备副使之下，有安绵、重庆、夔州、叙马、建昌、威茂、松潘、分巡上南道共计八个兵备佥事，又称兵备道。
兵备道之下，则是各府州县的亲民官。虽然亲民官对地方驻军没有法律上的指挥权，但是在“以文御武”的体制下，对那些“粗鄙无文、不知忠义”的厮杀汉，文官毫无疑问具有绝对的领导地位。
蜀世子朱平槿横空出世后，四川巡抚廖大亨从勾结到投靠。四川兵备副使陈士奇拉稀跑肚子廋死狱中，尸身臭不可闻。听话的川东兵备马乾升署四川兵备副使。
八个兵备道，刘士斗署了建昌兵备，松潘道黄谏卿死在泸州城，上南道胡恒几颗官印一齐揣了，安绵兵备病死于剑州，叙马兵备早已告老还乡。最惨的是威茂兵备，他深度卷入了陈士奇案件，被廖大亨下令拿了，命若游丝。
鉴于营兵卫所编入护国军，于是廖大亨趁机建议逐步废除兵备副使、兵备道领兵的制度，撤销兵备、清军等文官领兵监军的衙门，继续依靠三总部指挥护国军，并参照蜀王府制度，在各地官府与当地驻军之间建立军政委员会，作为联系文武和集体决策的机构；在护国军连以上单位，建立监军制度，作为对军事主官的监督分权。
这实际上便彻底废除了“以文御武”的体制，并以蜀王府控制下的集体领导体制取而代之。
在集体领导体制下，文人与文官、武人与武职彻底分开。个人入仕道路的不同，只是授官的参考而已，不是终身的身份。文武官员平起平坐，仅有职责分工不同。文人也可以领兵，但前提是他必须有蜀王府赋予的军事指挥权。没有这种权力，文官无权插手军队的事情。武人也可以插手地方，前提是必须有上级认可的集体决议。这样一来，文武便进行了深度的整合。在集体领导的大框架内，既制衡又合作。
废除“以文御武”，廖大亨自己的领兵权也被废了。不甘自废武功廖大亨具有的丰富官场经验，立即提出了一个替代的方案，既可以使他不至于大权旁落，也可以使他登上权力之巅：那就是在蜀世子殿下之下，三总部之上，设立一个更高层级的指挥机构，辅佐日理万机的世子殿下。
朱平槿当然不会在政治交换的紧要当口与廖大亨讨价还价。善于创设新式机构的朱平槿当即插言，废除承运朝会之后设立的军机委员会，另在蜀王府设立军机处，作为自己的军事统御机构。
廖大亨、马乾、陈其赤、郑安民、曹三保、程翔凤、舒国平、孙洪、王昆山等九人为军机大臣，入值军机处。廖大亨以四川巡抚身份兼任首席军机。另外，再增补王府文案李长祥、张维、谭芳，抚台幕友孙定邦等人为军机秘书。
马乾的兵备副使已经没有多少实质内容，入值军机处，他便成为了军机处里唯一的专职军机。此外，马乾还管着官军的编遣善后大权，明眼人立即清楚，马大人简在世子之心，要大用了。
至于女人谭芳意外入值军机处，则是世子亲自提名，目的是保证罗姑娘能通过她的秘书随时掌握军事动态，保证军队用度不缀。
廖大亨奏疏中所谓的“全民皆兵”，即是洪其惠在承运朝会中提出的所谓现役、正役、预备役三级兵役制度的翻版。廖大亨在奏疏中正式提出这个制度，就是把全民义务兵
役制由王庄扩展到了全省。
只是由于川北各地的人口损失明显大于预期，为了保证护国军的兵源充沛，廖大亨建议将“丁”的概念，明确为蜀地十五至四十岁的健康男子。现役由二十丁抽一改为十五丁抽一，正役和预备役抽丁比例维持不变。
廖大亨估算，这样全省可以维持现役常备军九至十万，经过训练的正役二十五万左右。如果再加上荆楚征集的新兵以及从行都司调来的军队，可以将常备军增加到十二万左右。此数虽较闯献流贼总数少得多，但只要士气高昂、装备精良、粮饷充沛，亦能战而胜之。
兵役制度中最重要的部分，不是哪些人应该服兵役，而是哪些人可以免除兵役，逃避兵役又当如何惩罚。
怕死是人的本能，没有深仇大恨，没有走投无路，没有严刑峻法，单是靠优厚的军饷待遇和光明的职业前景是不可能征召到足够兵源的。
成都府各县王庄是蜀王府的大本营，庄丁数十万。虽然蜀王府制定了很多富农裕民的政策措施，多次大声疾呼号召庄户们“保卫胜利果实”，但主动报名参加护商队的人始终不足，本乡本土入役还有钱粮补贴的护庄队却挤破了头。去年川北变乱，朱平槿以迅雷不