下达给各舰舰长、参谋人员和飞行员。这些有关人员在得知计划之后立即开始研讨攻击方案细节。作最后的调整。这一工作贯穿整个航行过程中。几乎每天突袭计划都在进行细节修正。很多高级军官甚至片刻不离作战舱室。连晚上都是和衣而睡。抓紧时间对突袭计划进行一遍又一遍的推敲和研究。
5月5日凌晨1点。山本向南云发出绝密命令：5月5日凌晨六点出发。航行中务必保持隐蔽。于12月8日到达待机海域。并完成所有作战准备。
5月5日晨六时。突击编队主力（除中途岛破袭部队外）从单冠湾启航。山本的最后指示是编队以14节航速沿北航线航行。并实施二十四小时对空、对潜警戒。如果同美国的谈判获得成功。就立即返航。同一天。滞留在华盛顿的日方外事人员继续向美方递交照会。就双方的谈判做进一步的协商。
5月7日。突击编队按预定方案。实施第一次海上加油。然后以6艘航空母舰为核心排成三个纵队。以三艘潜艇在队列前方约200海里进行侦察。整个编队采取严格的无线电静默。只收不发。密切关注谈判进程和开战指示。当天山本电令南云。如果在5月15日前被发现。就放弃执行计划。掉头返航。
5月9日日。山本根据大本营命令。向南云发出“攀登新高峰1208”的密码命令。通知南云进攻日期为5月18日。即夏威夷时间5月17日。同一天。联合舰队更改密码和所有军舰的呼叫代号。以干扰迷惑美军的无线电监听。
5月13日。突击编队进行最后一次海上加油。补给部队在完成最后一次海上加油之后。便与主力分手。这样突击编队此时就只剩下作战舰艇了。山本仿效他所崇拜的东乡平八郎向南云发出动员令：“帝国兴衰在此一举。我军将士务必全力奋战。”南云立即将此电文用灯光信号通报全舰队。然后在旗舰“赤城”号航空母舰的桅杆上升起了Z字旗。。。自1905年东乡平八郎在对马海战中升起Z字旗取得胜利后。Z字旗便成了日本海军的胜利标志。
5月15日。突击编队进至中途岛以东600海里。进入美军飞机巡逻范围。编队形成环形防空队形。6艘航母成两路纵队为队列核心。2艘战列舰和2艘重巡洋舰位于航母纵队四角。9艘驱逐舰在最外围。南云下令航速增至24节。直扑珍珠港。
先遣队的27艘潜艇都于当天夜间到达指定位置。第一分队4艘在瓦胡岛以北海域。第二分队7艘封锁珍珠港东西海峡。第三分队9艘监视珍珠港的入口。其中伊。71号潜艇向编队报告瓦胡岛西北的拉哈纳锚地沒有舰艇停泊。也就是说所有的美舰都停泊在珍珠港内。于是突击编队的所有进攻力量都集中用于珍珠港。特别攻击队的5艘潜艇分别放出所携带的袖珍潜艇。由袖珍潜艇自行设法潜入港内。最后2艘潜艇则负责监视夏威夷同美国本土之间的联系。
当晚。突击编队收到东京转來的由吉川猛夫发自珍珠港的报告：珍珠港停泊有航母三艘。战列舰9艘。巡洋舰3艘。驱逐舰17艘。另有4艘巡洋舰和2艘驱逐舰在船坞。港内美军沒有飞机巡逻。也沒有部署防空阻塞气球。