4月20日。联合舰队在海军大学反复举行了图上作业演习之后。所有参加突袭作战的舰艇。完全按照突袭计划。以集结在佐伯湾的联合舰队主力战列舰为目标。进行最后的一次综合攻击演习。作为战前训练的检验。山本通过这些演习认为攻击效果良好。已经达到了训练目的。参战部队总结演习经验。返回各自基地。进行最后的出发准备。
4月25日。所有参战舰艇的舰长和飞行军官。一起研讨作战方案中的关键问題。4月27日。所有飞行员在珍珠港的沙盘模型上明确各自的任务。
为了做到知己知彼。日军在收集美军情报上下了很大功夫。自1941年5月后。派到珍珠港的日本间谍多达200人。从各方面搜集珍珠港的天气、水文、地形和美军基地、飞机、舰艇的部署。特别要提到日本海军情报部的吉川猛夫少佐。经过八个月的培训。以森村正的化名。于1941年3月作为日本驻檀香山领事馆参赞來到珍珠港。进行情报搜集。然后将情报以外交密码发回外务省再转海军。他发回的情报从最初的每周一次发展到最后每日一次。为日本海军提供了大量有价值的情报。其中包括：美军在不同日子的舰艇停泊情况和活动情况。珍珠港美军飞机的机种和数目。珍珠港的防空设施等。
为了得到北航线的实际情况。日军于10月派出两批共4名军官。化装成商人或水手。搭乘经北航线的船只赴檀香山。实地考察北航线的气象、海情及航道情况。除了派遣间谍获取情报外。日军还加强对夏威夷广播和电讯的监听。经过这些努力。在开战前。日军已准确掌握了美军在珍珠港的防御设施、兵力部署、舰艇和飞机的种类数量、驻泊停放情况、美军的活动规律等情报。
为了确保偷袭的突然性。日军还采取了一系列的战略欺骗和伪装。首先。以和谈作为掩护。早在1941年2月。日本方面就任命退役海军上将。美国总统罗斯福的朋友。著名的亲英美人士野村吉三郎为驻美大使。他在担任驻美大使期间与美国官员的会谈多达数十次。去年7月。近卫首相就曾经致信罗斯福。表示两国间沒有不能用谈判解决的问題。并保证绝不侵犯英美在东南亚的利益。去年11月5日。日本大本营还派出曾任驻美领事。娶美国人为妻的公认亲美派人士來栖三郎为和平特使。赴美进行第一轮谈判。
其次。从1941年7月日方开始和苏联秘密接触开始。日本关东军开始陆续扩编。从11个师40万人增加到20个师70万人。并制定了代号为“关特演”的大规模演习。制造进攻苏联的假象。掩盖对美国的作战准备。41年10月。在日本内海组织登陆演习。还邀请各国驻日武官参观。以吸引各国的注意力。12月例行的从横滨到檀香山的定期邮船“龙田丸”号照常出航。12月5日到12月7日三天里。组织江田岛海军军官学校的3000名学员装扮成海军官兵。游览东京市容。营造太平无事的景象。在舰载机训练的日子里。抽调其他部队的飞机进驻参训部队的基地。保持这些基地原有的正常飞行和通讯。这些掩人耳目的措施可谓煞费苦心。
最后。加强保密措施。在很长时间里。该计划只有山本和极少数高级军官知道。参战部队训练地点在日本南部的鹿儿岛和佐伯湾。而集结地点则在日本北方的择捉岛单冠湾。在突击编队集结过程中。各舰均选择远离商船航线的偏僻航线。分批按不同的时间间隔前往。在航行中。各舰的收发报机一律加上铅封。实行严格的无线电静默。并特别注意反潜警戒。
当突击编队的舰艇进入单冠湾后。海防部队就切断择捉岛同外界的一切联系。甚至连岛上居民的粮食等生活必需品都由海军的补给船來运送。对编队舰员的私人信件也一律进行检查。并扣押到开战那天才发出。在突击编队向珍珠港航行途中。所有舰艇实行只收不发的严格无线电静默。夜间进行灯火管制。另外派出数艘驱逐舰停泊在本土。伪装航空母舰的无线电呼号。进行无线电通信。以欺骗美军的无线电监听。同时联合舰队全面更改密码和呼号。以迷惑扰乱美军的监听。
5月1日。御前会议决定对美开战。日军大本营发布《海军一号令》：命令南云忠一率领突击编队隐蔽地于5月5日前在单冠湾集结。
5月2日。突击编队以“木户部队”为代号。开始向单冠湾集结。各舰实行严格的无线电静默。以不规则时间间隔。取不同航线。分批驶向单冠湾。联合舰队的其余军舰则实施无线电佯动。进行掩护。集结行动极为秘密。各舰只有舰长一人知道集结的目的。当突击编队进入单冠湾后。海防部队立即切断择捉岛同外界的一切联系。以防走漏消息。
5月3日。先遣队的27艘潜艇分别从佐伯湾和横须贺出发。伪装成日常巡逻。沿中、南航线。采取白天潜航夜间水面航行的方法。驶向夏威夷。执行侦察和监视任务。
5月3日。一位刚从珍珠港回來的情报军官向突击编队的中高级军官作了珍珠港情况简介。
5月4日。突击编队完成秘密集结。待命出发。同日突袭计划才