，生擒七千。十月，鸿章亲自视师，炮毁苏州长城石垒。郜云宽等密降，鸿章采纳程学启密谋，令斩李秀成、谭绍光。李秀成见内部有变，连夜出城，郜云宽杀害谭绍光，开门投降。后又诛“八王”，搜斩太平军二千余人。鸿章自上海誓师，至克苏州，此为东征第一大捷，亦为同治中兴第一转机，赏加鸿章太子少保衔，赏穿黄马褂。十二月，聘请英人马格里主办苏州炮局，提议创立天津招商局。
同治三年正月，鸿章命郭松林等水陆各军克溧阳，打败刘王、襄王。二月，分军出境助平“浙乱”。三月，自领鹤章、昭庆、黄翼升、郑国魁水陆军抵沙山，万余太平军被追逐于三河口浮桥争道奔走，浮桥断，尸积水不流。是月，鸿章挥军登常州城，守将陈坤书督师巷战被俘，数万太平军被杀，清廷赏鸿章骑都尉世职。时当太平天国攻占漳州，府城势危，谕旨饬鸿章抽拨炮队援闽，遂遣福建陆路提督郭松林，遇缺题奏提督杨鼎勋率军八千人，由上海水路至厦门登岸。同月，鸿章由于统领中外水陆各军从上海转战而进，连克苏常府县，并派兵出境攻拔嘉兴等处，加恩锡封一等伯爵，赏戴双眼花翎，寻赐伯号肃毅。是年七月，令潘鼎新水陆军进攻湖州；又命郭松林、杨鼎勋分道进逼漳南，迫使太平军残部转入江西。至此，江浙太平军被镇压下去。同年，鸿章在苏州设立制炮局。
同治六年正月，刘铭传部在湖北尹隆河战役中被捻军击溃，二月，周盛波在安徽太湖被捻军打败。四月，东捻由湖北进入河南，五月渡过运河，直奔山东，济南戒严。此时，慈禧甚为不满，命鸿章戴罪立功，速赴山东镇压。鸿章至济宁命刘铭传、潘鼎新在胶莱河南北二百八十余里筑长墙，会同豫军、东军分段把守，准备把东捻围困在登州、莱州一带。七月，捻军由海神庙渡过三潍河，胶莱河防溃败。八月，慈禧太后震怒，旨谕“李鸿章、潘鼎新交部议处”。随后，乃令刘铭传、郭松林、杨鼎勋三军往返追击。十月，追至赣榆，鸿章用二万两白银收买东捻潘贵升，枪杀任柱于阵，斩获三万，平东捻。赏鸿章加一骑都尉世职。是年，鸿章将苏州炮局迁至南京，改名金陵机器局，**枪炮，供应淮军军火，提供大沽炮台大炮。
同治七年正月，西捻张宗禹由山西吉州踹水北进，直逼畿辅，京师大震。清廷屡命鸿章速令刘铭传各军入援。西捻进入衡水、定州，鸿章又被拔去双眼花翎，剥夺黄马褂，革去骑都尉世职。二月，鸿章统领盛军北上，进驻德州，在安平、饶阳打败西捻。但另一支西捻逼近天津，鸿章下部议处，限一月之期消灭之。鸿章命令郭松林、潘鼎新两军掘开沧州往南的捷地坝，放运河水进入减河，并在减河东筑长墙切断进攻天津之路。五月，鸿章乘黄河汛期缩地圈围，在德州杨丁庄、商河打败西捻，张宗禹率部奔走济阳，被围困黄河运河之间，不久解散数万，被擒斩无数。西捻平，赏还鸿章双眼花翎、黄马褂、骑都尉世职，加太子太保衔。
同治九年二月，甘肃回民起义大胜，慈禧震怒。命鸿章暂缓入黔，亲率淮军四十营，先往陕西督办军务。起义平息。是时，值天津教堂滋事，引起事端。法国借口仇教，联合英、美、俄、法、比、西共七国向清廷抗议，廷议促鸿章酌带郭松林等军克日起程，由陕入直，移师天津，密筹防卫，并命重新修建，加固大沽口炮台，添置德国新式巨炮，增建平炮台三座，重整三岔口水师和炮台。八月，调任直隶总督，兼任北洋通商事务大臣。
同治十一年六月，授英武殿大学士。是年，鸿章在上海创办轮船招商局，官督商办。
光绪三年(1877)八月，鸿章奏准清廷，将镇江米市迁至芜湖。四年，设立天津邮政总局，又在天津招集商股一百二十万两，设立开平矿务局。后来发现煤质甚佳，便购买外国机器，采用新法开矿。
光绪六年七月，清政府创办海军，鸿章在天津奏立北洋水师学堂，聘请英、俄水师官兵在津沽会考水师学堂学生，使将校尽取诸生中。又于天津创办北洋电报学堂，培养电信技术员，并奏设南北洋电信线，从天津沿运河南下抵镇江、达上海，长约三千里；在紫竹林、大沽口、济宁、镇江、苏州、上海等处设立电报分局。十余年有较大发展。同年，鸿章在上海设立机器织布局。
光绪七年九月，开平矿务局修筑津榆（唐山至胥各庄）铁路。
光绪十年，法军侵略越南，鸿章与法国总兵福禄诺（后升司令）在天津私订《天津简明条约》（简称《李福条约》）。十月，慈禧五十寿辰，赐鸿章御书“揆元经体”匾额，仍授文华殿大学士。是年，重修包公祠，费银二千八百两，自撰《碑记》，勒石于祠东。
光绪十一年四月，鸿章与日本首相伊藤博文签订有关朝鲜事务的《天津条约》。六月，鸿章以全权代表与法国公使巴特纳于天津商订《中法新约》（即《中法越南条约》，又称《李巴条约》）。九月，清政府设立海军衙门，命醇亲王奕譞为总理大臣，庆郡王奕劻和鸿章为会办大臣，鸿章掌握实权。
光绪十二年，以全权大臣定法国通商滇越边界章程。
光绪十