庄允城和朱佑明的宅邸围了个水泄不通，很快抓住了庄允城和朱佑明，并把他们打入死牢押解进京。
庄允诚被逮捕上京以后，后来不堪虐待死于狱中。
庄允诚虽然挂了，事情还不算完，该牵连的，就要牵连，宁可错杀一千不可放过一个。康熙二年（1663）正月二十日清晨，湖州市突然戒严，所有城门都关闭起来，城中文武官员率数百名八旗子弟兵，分别按照《明史辑略》上的名单，全家捉拿，仅李令皙一家就抓了一百多个人，甚至包括前来拜年的亲戚、邻居。庄允城和朱佑明两家被抓了好几百人，湖州以外的涉案人员，也在很短时间内被缉拿归案。
康熙二年(1663)，庄廷珑“明史案”正式结案，四位辅政大臣以康熙帝名义颁行天下的圣旨严厉而具体：凡参与组织、编写、刻版、印刷装订、买卖“逆书”以及有书不缴者均处以极刑，格杀勿论，各家财产藉没，案犯男性家属，凡年满15岁以上均判绞杀。庄廷珑本人则被掘墓开棺焚骨。
1663年五月二十六日，上千名囚犯被圈拢在杭州市弼教坊广场等候结局。囚犯们脸色苍白，浑身哆嗦，涕泗横流；白发苍苍的老妪、怀抱婴儿的女人、尚未成人的儿童呼天抢地，泪水横飞。国家机器的声音回旋在寂寥的长空：“朱佑明，凌迟处死！李令皙，凌迟处死……”在整个“明史案”中，被诛杀的人竟达70人之多。
与此形成鲜明对照的是，地痞流氓吴之荣反而成为了国家英雄,不仅得到庄允城与朱佑明一半家产的奖励，还当上了“右佥都御史”。
让我们稍感熨帖的是，在人间泯灭正义与良知，残忍和凶暴恣意横行的时候，老天爷说话了：一位叫范韩的文人在《范氏记私史事》记载，康熙四年（1665）七月，“吴之荣归自闽中，行至半山，狂风骤起，雷电交加，之荣随成疟疾，寒热夹攻，两日而死，人皆称为天雷击死之。”一