必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”
然毛文龙死后不久，清兵少了毛文龙的牵制，攻了过来。
公元1629年（崇祯二年）十一月，清皇太极举兵数十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。皇帝朱由检得知后非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。但不久之后，遵化、三屯营都被清军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。清军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。朱由检召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。于是袁崇焕驻军城外，与清军鏖战，互有胜负。袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。清军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤清兵千余人，而明军死伤也很多。收兵后，皇帝朱由检用酒食犒赏军队。袁崇焕有派遣任守忠率领五百人用火炮轰打清营，清军撤退，京都之威遂解。
清军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初清军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知清军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与清军有勾结，皇帝朱由检对此也很怀疑。此时清军也设计离间，说袁崇焕与清军有秘密约定。十二月，崇祯皇帝朱由检将袁崇焕下狱。
崇祯皇帝怒了，他要杀了袁崇焕，他想到老袁崇焕的功劳，但更恨的是他的蛮狠。
皇太极还在，还逼进皇城。李自成更是猖狂，也自立为王，张献忠也是站出来自大。
可是杀了袁崇焕，后金兵靠谁来抵挡呢？不杀他，他犯下的错差点害了整个大明王朝，虽然他后来自救。于是崇祯皇帝陷入了深深的苦恼。