尽管如此，李自成还是拥有几十万军队，仍然在河北真定，井陉、河南怀庆、陕西潼关等地继续抗击清兵和明朝残余的军队。
清朝统治者在笼络地主阶级镇压农民军的同时，对汉人施行了圈地、剃发和屠城等等民族高压的措施。各地人民都起来反抗清朝统治者。京畿的昌平、三河，以及冀中、苏北、山东、山西、河南等地人民的反清斗争， 风起云涌，如山东西部的榆园军，山东东部的青州起义军，山西西部吕梁山区的起义军，河南怀庆、卫辉等地的起义军，在河北各地也有很多小规模的农民武装。在这些起义军中都有被清军打散的李自成旧部参加，他们或是独立作战，或是策应李自成的军队抗击清兵。
李自成兵败，想连同张献忠一同抗清，吴三桂恨及了李自成，将李自成逼进九宫山，李自成见突围无效，他想起崇祯皇帝，如果不是他李自成之流的逼迫，满清根本不可能入关，羞愧之余，他选择了跟崇祯皇帝一样的死法，在九宫山上吊而死。