然善于捕捉市场机会，但疏忽了管理内功的修炼，很多这一类企业在引领一时风骚后都遭到了市场的惩罚。而万科是不多的在其成立早期就认识到完善公司治理重要性的企业，其几次获得“企业公民”奖项均与其完善、透明的公司治理有关。公司治理是任何一家有长远发展规划的企业都不能回避的问题，国内外投资者对万科的这一点也格外看重。
万科是中国第一批上市公司中唯一一家连续20年保持赢利增长的公司，其他同批上市的公司大都遭遇到了各种发展陷阱，万科能长期保持业绩增长的重要原因之一正是清晰透明的公司治理。万科在股权结构上有两个比较独特的地方，一是股权分散但又不过度分散，一方面万科是一家比较少见的大众持股公司，第一大股东也仅持有16.3%，另一方面机构投资者很多，所以万科一直不存在“一股独大”的问题；二是流通比例高，在股改前流通比例就达到了86.63%。在这样的股权结构下，万科管理层一直非常重视投资者关系，也便于维护中小股东的利益。
万科长期保持增长也得益于较早建立了职业经理人团队及企业文化。在公司层面强调专业化，培养成熟的管理方法，弱化创业者的权威作用，对于推动公司向规范化方面发展非常重要。2008年万科实施了首期限制性股票激励计划，在建立股东和职业经理团队的利益共享机制上取得了比较大的突破。这对完善公司中长期激励机制，提升公司治理水平，提供了重要保障。
随着万科的发展，“尊重人”得以内生固化成为万科的基本理念之一，它包括尊重客户、尊重投资者、尊重员工和尊重合作伙伴。尊重员工，除了尊重员工的个性、个人意愿和选择权利之外，还包括尊重员工的私人生活。在万科的企业内刊《万科周刊》对于早期万科的回忆中，有一个细节让人颇值得玩味。当年，成立不久的万科有意将员工的住处分散，并且不提倡员工互相做邻居，因为这样有利于保护各自的隐私。这种做法在现在来看并不新鲜，但在20世纪80年代中期那个个人空间普遍比较逼仄的时期却是非常令人耳目一新的，也很能够吸引一些对个人空间意识比较敏感的人。王石回忆道，在万科从多元化向专业化转型的过程中非常困难，公司的前景不是太明朗；很多员工的薪酬待遇也不尽如人意，也没有额外的福利。但在这种情况下万科公司还是吸引了一大批优秀的人才，原因就在于万科对于尊重人的文化氛围，万科给员工公平选择的机会，也给他们自由发表意见的空间，这种尊重带来了薪酬待遇之外的吸引力。
尊重员工私生活首先表现在不打扰员工的私人生活。万科倡导工作与生活的平衡，在工作时间热忱投入，在休闲时间尽情享受；在休息时间，即使是集团董事长或总经理要拜访下属，也要提前进行预约。万科也明确提出反对员工带病上班和在家人遭遇不幸或迫切需要呵护的时候坚持上班。其次是保护员工的隐私。在万科，员工的家庭住址、家庭电话、婚姻状况、薪酬等均属于个人隐私，对此公司予以保密；同时，在进行各种满意度调查时，无论是上调查还是问卷调查，均采用第三方调查或匿名调查的方式，保证员工可以毫无顾虑地表达意见，万科的员工论坛也支持员工通过匿名方式自由地发表观点。
万科提倡良好、融洽、简单的人际关系，致力于建设“阳光照亮的体制”，提倡个人与公司、个人与个人之间坦诚的沟通与合作。在员工关系与沟通方面，万科有十二条沟通渠道。包括“门户开放”、吹风会、员工关系专员、E-mail给任何人、上论坛、员工满意度调查等。当职员认为个人利益受到不应有的侵犯，或对公司的经营管理措施有不同意见，或发现有违反公司各项规定的行为时，可选择适当的申诉渠道向公司申诉，最高可直接向集团总经理或董事长申诉。十二条沟通渠道的设立，是万科鼓励各种形式的沟通、提倡信息共享、反对暗箱操作的具体表现之一，使所有的员工在人格上人人平等，在发展机会面前人人平等，为员工创造了和谐的工作氛围和简单而又真诚的人际关系。
万科对于客户的尊重是尊重员工这种精神氛围的一种延伸和推广。在专一于房地产业务之前，万科做过很多业务，比如家用电器等；可以说那时的万科是一个赢利导向的公司，什么挣钱就做什么。而在转为房地产开发商之后，万科又是以产品开发而著称，通过在不同城市复制成功产品的方式进行扩张。直到前几年，万科将自己的标杆企业转向了美国房地产领先企业帕尔迪之后，才确立了以客户为导向的发展方向，真正根据用户的需求来造房子。
在对客户的尊重成为万科的经营理念之后，万科开始检讨改善与合作伙伴的关系，王石反省到，由于目前的市场普遍供大于求，因此下游厂商对供应商普遍比较苛刻。万科则应该在这一方面起到示范作用，对合作伙伴的尊重也是对人尊重中不可缺少的一环。
在尊重人的基本价值观下，万科逐渐形成了“做简单不做复杂，做透明不做封闭，做规范不做权谋，做责任不做放任”的企业价值观，并且在这一企业价值观的基础上，