见卓识和创造力的导演约翰·拉塞特会向迪士尼的杰弗里·卡森伯格汇报进展。他们俩的关系和谐融洽，并且富有成效。“约翰很尊重杰弗里，杰弗里也真的很尊重约翰。”帕姆·克尔温回忆道。约翰的团队创作故事剧本时，画了上百个故事板，大楼里的墙上到处都是他们画的故事。然后，他们会拍摄一系列故事板的内容，做成一卷胶片，大致反映出实际电影的内容效果。影片还会添加各个角色的声音，增加各种肢体动作。接着，约翰会跑到伯班克，把这卷影片放给杰弗里看。这些“定调”的过程是整个电影制作中最重要的环节之一，是串联故事情节的关键。约翰是一个技艺精湛的演员，感情丰富，令人信服，而且他也在寻找和自己一样有天赋的动画制作者。他们的艺术造诣并不仅仅是画好东西，而是赋予笔下人物栩栩如生的形象。“约翰雇人时，从来不在乎你有没有受过绘画的专业训练，或者会不会用计算机制图，”阿尔维密斯说道，“他真正想知道的是你会不会演。”
约翰的团队从复杂的情节设定开始，根据杰弗里对风格和片子的反应，他们不断地修改和完善。杰弗里是个很依赖直觉的人，总是能一针见血地指出情节中的漏洞，但却无法对症下药，他也不觉得自己应该亲自修正他指出的错误。“杰弗里可以告诉你哪个地方有问题，但是他也说不出有问题的原因，”帕姆·克尔温说道，“他会说，‘我觉得这个可不怎么样’，而不是告诉他们‘应该这么做更好’。”
约翰一次又一次地前往伯班克，但杰弗里总是不满意。
问题在于影片中英雄伍迪的个性没有感染力。一开始，伍迪只是个表演口技的假人，现在创作者把他设定成了玩具牛仔，住在一个叫安迪的小男孩的卧室里，牛仔是安迪最喜欢的玩具。安迪拿到另一个玩具时，伍迪感受到了威胁。新玩具是个宇航员（原来叫“卢纳·拉里”，现在改成了“巴斯光年”），这个玩具更新也更时髦。故事的主线就是这两个玩具之间幽默、滑稽的斗争，结果他们不打不相识，成了最好的朋友。这是典型的讲述兄弟之情的电影。但是不知为什么，皮克斯的动画师采取这种老套剧情时却犯了错误。两个玩具之间幽默可笑的对手戏被描绘得过于阴暗，尤其是伍迪被塑造成一个讨厌的、肮脏、爱抱怨、恃强欺弱、令人憎恨的角色。
1993年7月，皮克斯正式开展动画工作，但是整个夏天和秋天，杰弗里·卡森伯格都对剧情不满意。约翰·拉塞特和同事每次从迪士尼回来都带着一堆新意见，但似乎没有一个能派上用场。杰弗里长期以来的否定态度让皮克斯人沮丧而痛苦。
11月，彼得·施奈德对着拉尔夫·古根海姆大喊大叫。彼得说拉尔夫和邦妮是差劲的制片人，如果他们是迪士尼的员工而不是皮克斯的员工，他早就炒他们的鱿鱼了。接着，彼得又给史蒂夫·乔布斯打了电话，要求史蒂夫裁掉拉尔夫。史蒂夫拒绝了。
只有史蒂夫才能聘用或解雇皮克斯的人，但是迪士尼却灵活地控制着电影制作。11月17日，杰弗里·卡森伯格停止了《玩具总动员》的制作。
皮克斯看上去就跟NeXT一样，陷入绝境，奄奄一息。
史蒂夫·乔布斯跌入了职业生涯的最低谷。