根据国务院“取消农业特产税，烟叶特产税并入工商税种”的指示，财政部、国家税务总局会同国家烟草专卖局就烟叶特产税停征后的替代措施进行研究，提出开征烟叶税的方案。
为减轻农民负担，2006年2月17日，国务院第459号令废止了农业特产税。由于烟叶特产税是农业特产税下的一个税目，因此，对烟叶征收农业特产税也失去了法律依据。因此，2006年5月11日，国务院公布《中华人民共和国烟叶税暂行条例》，开征烟叶税取代原烟叶特产税。
1.暂行条例的主要内容
2006年4月28日，《中华人民共和国烟叶税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第464号）正式施行。条例规定烟叶税实行比例税率，税率为20%。烟叶收购单位为烟叶税的纳税人。烟叶税的应纳税额按照纳税人收购烟叶的收购金额和本条例规定的税率计算。应纳税额的计算公式为：
应纳税额=烟叶收购金额×税率
条例所称烟叶，是指晾晒烟叶、烤烟叶。
2.烟叶税费的沿革
我国烟叶税制在不同历史时期经历了多次变化。建国初期国家规定对采购单位收购的烟叶按照50%的税率，实行从价计税。1957年起，由于烤烟收购价格的几次提高，为了不过多提高烟叶的供应价格，当时的全国物价委员会、财政部、轻工业部和全国供销合作社联合下达了“关于调整烤烟供应价格的联合通知”，规定从1963年起烤烟的工商统一税按1960年收购价征税，1960年以后烤烟收购价格提高部分不征税。由于这种措施手续繁多，财政部\\[1965\\]财税字106号《关于调整熏烟叶税率和计税价格问题的通知》规定从1966年起依照实际的收购价格按40%的税率征收工商统一税。由于人民较高的生产热情，各级政府的重视，我国烟叶生产得到迅速恢复和发展，为社会主义建设作出了贡献，也为卷烟工业提供了充足的原料。
从1979年起我国开始经济体制改革，1984年第二步利改税后原烤烟40%的工商税改为38%的产品税。由于生产烟叶高税率的驱动，1992年我国烟叶生产达到历史最高水平，全国收购烟叶5528.6万担，出现了盲目发展的趋势。对此，国务院（1983）122号文件和125号文件明确要求对国家计划内生产收购的烤烟，按照国家牌价收购，对超计划或无计划生产收购烤烟税金全部上缴中央财政，并向下浮动收购价格20%。中国烟草总公司曾向税务总局建议“将现行的收购环节纳税改为烟叶调出时由经营部门统一纳税”（中烟叶\\[1987\\]30号《关于建议改变烤烟纳税办法的函》）。1993年为加强烟叶生产的宏观管理，国务院国办发\\[1993\\]43号文进一步规定“烟叶收购必须严格执行国家计划，对超过国家计划收购的烟叶税金要全部上缴中央财政。”由于从1987年到1995年国家4次调整了烤烟收购价格，全国烤烟每担平均收购均价已从1987年的86.18元提高到1995年的213.19元，为保持地方的税赋水平和既得利益，国家税务总局国税发\\[1993\\]096号和国务院国办发\\[1993\\]43号文规定烟叶的产品税由38%降为31%。并规定从1993年起出口的烟叶退税税率也调整为31%。
1994年国务院第143号发布《国务院关于对农业特产收入征收农业税的规定》，将烟叶农业特产税税率规定为31%。规定由烟叶部门代扣代交，是一种收购环节交纳的从价税，税收归地方政府。烟叶农业特产税成为农林特产品中最高的一项纳税产品。同时，财政部财预字\\[1994\\]第207号规定取消出口烟叶的退税。为加强烟草行业的宏观管理，妥善处理国家、企业和农民三者之间的利益关系，促进烟叶供求总量平衡，稳定卷烟销售，国务院决定调整烟叶、卷烟的价格和税收政策，于1998年7月印发了《国务院关于调整烟叶和卷烟价格及税收政策的紧急通知》（国发明电\\[1998\\]7号），规定降低烟叶收入的农业特产税税率。在提高烟叶收购价格的同时，将烟叶收入的农业特产税税率由31%降为20%，并按调整后的烟叶收购价格计征。由于调低税率而减少的地方财政收入，由中央财政根据1998年国家下达的烟叶收购计划和1997年全国烟叶平均收购价格对省级财政一次性给予适当补助，具体办法由财政部另行制定。
烟叶税制改革早就被列入政府工作日程。2004年温家宝总理在《政府工作报告》中宣布：“从今年起，除烟叶税外，取消农业特产税，逐步降低农业税税率，平均每年降低1个百分点以上，5年内取消农业税”。这样，就把烟叶农业特产税问题推到了一个风口浪尖的位置。在农业政策发生上述变化的总体形势下，烟叶农特产税是继续保留还是取消，也就成了烟草系统内外都高度关心的问题。烟叶税的历史沿革及改革探讨引起大家的普遍关注。2005年《政府工作报告》中再次提出