其他特殊的监管证件）——小提单。
（8）填好该填的内容：报关单签字，委托书内容填写完整。在小提单上贴上箱号纸。
（9）所有的单证上都要盖上报关章，小提单上必须要改在1号章的位置（如果小提单有多联，其余几联也要盖）。
（10）根据不同的贸易方式、企业情况选择正确的报关袋：一般贸易——不透明的红袋，废货——透明的红袋，免税单证（手册，免表等）——不透明的绿袋，双A企业——不透明的绿袋。
（11）根据不同的贸易方式、企业情况选择正确的通道，首先如果经营单位是双A企业的，不论是什么贸易方式的，都到“特快通道”报，然后一般贸易的到一般贸易通道（审单1，放行1）报，废货的到废货通道（审单2，放行2）报，免税货物到免税通道报（大厅最左边的侧面通道里）。
（12）单证交接要登记，包括交单，放行，查验等。
（13）等待审单，此时可以到终端上查（POP2程序里选3），如果单证未轮到看，应该是显示“该单已审结，请到现场交单”，下面是“该单未打印税费缴款书”（当然也有可能是看到了，但是单子有问题，被压在审单关员手上）。如果单子没问题，审单关员就会打印税单（此时终端上POP2里3里的信息应该是“该单已打印税单”），如果查到这样的信息，说明审单环节已经过了，你就可以到放行关员那里去拿税单了（因为税单打印后，要经过放行关员的复核，签章才有效）。
（14）拿到税单后，单证应从未拿税单的位置，放到已拿税单的位置（看关员习惯），到边上的国库缴税，有监管费、滞报金的要同时交给海关财务。税单为防止搞错通常要在税单上签上报关员的名字。税单交完后，国库会在第1联盖上收讫章，海关财务复核人员会在第6联上改一个“单照章”。取回这2联。如有滞报金的会还给报关员2联（一联是交给海关的，是你交了钱的凭证，另一联是货主的收据）。如果是监管费，情况和滞报金一样。
（15）一般征税的，拿着税单的第一联去放行关员处放行（税单他校验后还给你的，千万别丢了），关员进行核税、放行手续后，他会在报关单上签字，并在报关单的第2联上盖一个“验讫章”。 报关员取走报关单的第2联的报关单（要有章的，不然你就白忙乎了）和小提单，以及其他可以反复使用的证件，如“非一批一证的自动进口许可证等”，在留底的报关单上签上“报关单，B\/L已缺，再签上自己的名字，还要把刚才从国税拿回来的税单的第6联定到留底报关单证里，这样就可以把留底单证还给海关留底了。免税的货物是把从财务那里拿来的2联中作为存根的一联交给放行关员放行，另一联是交给货主作为收据的，滞报金也类似。
（16）如果是保证金形式的话，海关会给你2份缴费单，一份是海关缴款通知书，一份是保证金收据，保证金是交给海关财务的，缴完钱后，他会还给你3联，一联是给海关的（不用取回），是你缴了钱的凭证，他就凭这个给你放行。一联是给货主的收据，另一联是退款联（要保管好，下次退保证金的时候要提供给海关的）。
（17）放行后，拿着盖过“验讫章”的报关单和小提单去该单的箱子所在码头的监管科进行实货放行。
（18）几天后就可以申请打印付汇报关单，到4楼上，交申请表（要盖公章），几天后可以取，签收后，即结关。
特殊情况
1.检疫程序
（1）除法定商检的货物必须要做通关单外，发货地或原产国是美、日、韩和欧盟的货物必须要提供包装检疫的通关单。
（2）废货因做商检的检验检疫所需时间较长，允许凭代商检的报关单先报关，随附单据栏里要输入通关单号码（但这时候，通关单还没有做出来），在商检通关做出来之前，海关会先受理单证，然后可以决定是否查验，如果要查验可以去查验，但是即使是海关查验结束了，而且货物没问题，海关也不会给你打印税单，一定要等商检检验检疫合格后，再提供了正本通关单后才会打税单。
（3）废货税单出来以后，缴完税，拿着税单和环保批文的正本（先前在报关单证里夹的是复印件），进行核税和核批文（签章），然后取回税单和批文正本，去复印批文的反面（复印好后要盖上报关章，因为所有交给海关的单证都是要盖章的）。等待放行后，取回盖过章的报关单和小提单，去实货放行。
（4）免税通道的货物有可能什么税费都没有，那就省去了缴钱的这个环节，这样的单证就有可能是审单后，直接放行了。
（5）如果查验，首先登记（其实在海关的单证交接都是要登记的），然后做关封。
（6）送往货物所在码头的监管科：2期的货物先送到H986（货物机检科）先进行机检，3期的货送到监管二科（通常叫3期查验科），然后办理查验接单，派箱（查哪个箱子），指定了查哪个箱子以后，海关会发电子指令