私营企业实现了会计电算化并不等于废弃了内部控制制度，只是内部控制制度的重点会有所转移。那么如何建立会计电算化的内部控制制度呢？
1.建立会计电算化岗位责任制
建立岗位责任制，明确每个工作岗位的职责范围，这样才能做到事事有人管，人人有专责。可以设立基本会计岗位和电算化会计岗位。基本会计岗位包括：会计主管出纳、会计核算、稽核、会计档案管理；电算化会计岗位包括：直接管理、操作、维护计算机及会计软件系统的工作岗位。具体如下：
（1）电算主管。主要负责协调计算机及会计软件系统的运行工作，要求具备会计和计算机专业知识及相关会计电算化组织管理经验。电算化主管可由会计主管兼任。但并非每个企业都需设立此岗位。
（2）软件操作。这一岗位的工作人员主要负责输入记账凭证和原始凭证等会计数据，输出记账凭证、会计账簿、报表和进行部分会计数据的处理工作。一般需要具备会计软件的操作知识，达到会计电算化初级知识培训的水平。
（3）审核记账。负责对输入计算机的会计数据进行审核，应用会计软件登记账簿，对打印输出的账簿、报表进行确认。一般安排具备会计和计算机专业知识，经过会计电算化初级知识培训的人员。
（4）电算维护。主要负责保证计算机硬件、软件的正常运行，管理会计数据。此岗位要求具备计算机的会计专业知识，经过会计电算化的中级培训。
（5）电算审查。负责监督计算机和会计软件系统的运行，防止利用计算机进行舞弊。要求具备会计和计算机专业知识，经过会计电算化中级知识培训，此岗位也可由会计稽核人员兼任。
（6）数据分析。负责对计算机内的会计数据进行分析。要求具备计算机和会计专业知识……经过会计电算化中级知识培训。
在实施电算化的过程中，各企业可以根据内部监督机制的要求及本单位的实际需要，参照上述会计岗位划分设立必要的工作岗位。基本会计岗位和电算化会计岗位可以在保证会计数据安全的前提下交叉设置，各岗位人员保持相对的稳定。关于这一点在1996年6月10日财政部颁发的《会计电算化工作规范》中已做了较详细的规定。
2.建立会计电算化操作管理制度
该制度包括了以下内容：
（1）明确规定上机操作人员对会计软件的操作工作内容和权限，对操作密码要严格管理，指定专人定期更换密码，杜绝未经授权操作会计软件；
（2）预防已输入计算机的原始凭证和记账凭证等会计数据未经审核而登记账簿；
（3）操作人员离开机房前，应执行相应命令，退出会计软件；
（4）根据本单位实际情况，由专人保存必要的上机操作记录，记录操作人、操作时间、操作内容、故障情况等内容。
3.建立计算机硬件、软件数据管理制度
计算机硬件、软件数据管理主要包括：
（1）保证机房设备安全和计算机正常运行是进行会计电算化的前提条件，要经常对有关设备进行保养，保持机房和设备的整洁，防止意外事故的发生；
（2）确保会计数据和会计软件的安全，防止对数据和软件的非法修改和删除；对磁性介质存放的数据要保存双备份；
（3）对正在使用的会计核算软件进行修改，对通用会计软件进行升级和计算机硬件设备进行更换等工作，要有一定的审批手续；在软件修改、升级和硬件更换过程中，要保证实际会计数据的连续和安全，并由有关人员进行监督；
（4）健全计算机硬件和软件出现故障时进行排除的管理措施，保证会计数据的完整性；
（5）健全必要的防治计算机病毒的措施。
4.建立电算化会计档案管理制度
会计电算化对会计档案的管理提出了更高的要求，其中包括：
（1）电算化会计档案，包括存储在计算机硬盘中的会计数据、以其他磁性介质或光盘存储的会计数据和计算机打印出来的书面形式的会计数据；这里的会计数据是指记账凭证、会计账簿、会计报表（包括报表格式和计算公式）等数据；
（2）电算化会计档案管理是重要的会计基础工作，要严格按照财政部有关规定的要求对会计档案进行管理，由专人负责；
（3）对电算化会计档案管理要做好防磁、防火、防潮和防尘工作，重要会计档案应准备双份，存放在两个不同的地点；
（4）采用磁性介质保存会计档案，要定期进行检查，定期进行复制，防止由于磁性介质损坏，而使会计档案丢失；
（5）通用会计软件、定点开发会计软件，通用与定点开发相结合会计软件的全套文档资料以及会计软件程序，视同会计档案保管，保管期截止到按规定在该软件停止使用或有重大更改之后5年。