顺利，彻底攻破了江南大营，趁势夺取苏州、常州。咸丰非常震撼，急令曾国藩撤安庆之围，率所部人马东进苏、常。曾国藩没有听从最高领导者的调度，坚持不撤安庆之围，并且切实做好了围城打援的部署：“他将湘军兵力分为三路，以曾国荃为主力围安，在城外挖掘城濠三道，前濠用以围城，后濠用以拒援；由多隆阿北攻桐城，担负阻止太平军南下救援的重任，并在运动中寻找机会歼灭南下救援的太平军；胡林翼由英山、霍山取舒城。”这是北三路。曾国藩自己冒险进入祁门，设置大本营；左宗棠率6000人进驻广信、乐平；鲍超所率1万余人游弋于江西与安徽之间，作为游击之师，增援南北；彭玉麟、杨载福率水师守住鄱阳湖、协助曾国荃水上包围安庆；韦俊辉投降1万余人，进攻枞阳。这是南四路。南北总计七路兵马，除曾国荃一部分围城外，均为打援部队。
根据洪秀全的部署，太平军开始了声势浩大的安庆增援战。主要是两大战场：陈玉成自北而来，李秀成自南而来。南面战场，1860年10月，太平军进攻祁门，攻下黟县、东流等地，11月陈玉成大举增援安庆，被曾国荃打退。1861年新年刚过，战事异常紧急。太平军四面围住祁门，遭到湘军坚强反击；攻克景德镇，断了湘军粮道。祁门危急时，曾国藩一度想要以身殉国。左宗棠在乐平三战三捷，消灭太平军1万人，迫使李秀成转攻建昌、抚州、瑞州、南昌，鲍超在丰城大败李秀成，消灭太平军1万人。北面战场，陈玉成久攻曾国荃不下，转战湖北，攻克黄州、德安，企图以围魏救赵的策略，调动湘军回师救援，可是湘军不上其当。对太平军的这一计谋，曾国藩指出：
此次贼救安庆，取势乃在千里以外，如湖北则破黄州，破德安，破孝感，破随州、云梦、黄梅、蕲州等属，江西则破吉安，破瑞州、吉水、新淦、永丰等属，皆所以分兵力，亟肆以疲我，多方以误我。贼之善于用兵，似较昔年更狡更悍。吾但求力破安庆一关，此外皆不遽与之争得失。
按照曾国藩的指示，包围安庆的湘军坚守不动，陈玉成见计谋未果，随即率师回援，驻扎在菱湖中后段，修筑19座坚固的堡垒，从后面包围曾国荃。曾国荃调过头来，对太平军实施反包围。3月，陈玉成猛攻曾国荃二十多天不下，随即去桐城组织10多万军队，以少部牵制多隆阿，大部分10路成扇形进攻安庆，连攻6昼夜，被曾国荃打退。这次太平军增援，损失惨重，挂车河、练潭两役，陈玉成主力部队损失2万多人;菱湖19垒相继被曾国荃攻克，太平军损失8000多精锐。至此，所有援军均被打退，8月1日，曾国荃开挖地道、用地雷轰破安庆。太平军占领、经营达9年的安庆称，被湘军攻克并占领。驻守安庆的2万军队被全歼。8月7日，曾国藩进入安庆，并将安庆设置为大本营，直到金陵被克复。
安庆攻克后，湘军乘机扩大战果，攻下了池州、铜陵、桐城、舒城、宿松、黄梅、抚州、庐江、漕运镇、东关等隘，所向披靡，取得了“直捣金陵之势”。
安庆战役，纵观曾国藩的指挥艺术，主要有几个特点：一是守定核心点不放松。不论是朝廷的命令，还是太平军围魏救赵、声东击西的作战技术，都不能改变曾国藩指挥的决心与信心，坚守安庆不动摇。在兵力部署上，则采取“围其一点，其余皆做活兵，不做呆兵”的战术，“致敌而不致于敌”，引导太平军增援，从而打击之。二是未雨绸缪，以卓越的预见力洞悉太平军的未来走向，对太平军的指挥艺术了如指掌，并且能够根据太平军的动向制定恰切的作战方略，从南北两个方面做好充分的准备，迎接可能出现的情况。三是善于分化、瓦解与孤立太平军，成功争取了安庆程学启、韦俊辉的投诚。特别是程学启带着部队从安庆城突出的时候，后面有追兵，而曾国华等对程学启的意图并不清楚，然而曾国华却一点怀疑、犹豫也没有，立即打开长壕大门迎接。程学启后来成为湘军的重要战将，立下了赫赫战功。韦俊辉千方百计断绝安庆城中的米粮，使安庆成为一座孤城。
金陵战役是指以金陵为核心包括其周边一系列打援战的总称。时间从1862年5月曾国荃进驻雨花台开始，到1864年6月16日攻破并占领金陵为止。这次战役的最终结果是被太平军占领并建都11年之久的金陵被湘军收复，驻城的太平天国军队10多万人被歼灭，洪秀全被鞭尸，李秀成被俘正法，仅幼主洪福瑱乔装逃逸。金陵的收复，宣告太平天国作为一个政权的终结。
金陵战役可以粗略分为三个阶段。
第一阶段，核心打援。1862年农历闰8月19日到10月5日，李秀成率20万、李世贤从苏州率领数十万军队救援金陵，直奔雨花台曾国荃、曾贞干（国葆）营。当时，曾国荃部不到20000人，曾国葆部不到5000人；军中疾病流行，将士大半染病，同时染病的外围湘军有鲍超部、张运兰部、李榕部。19日，李秀成围攻曾国荃大营，采用西洋落地开花大炮前后轰击，连续15昼夜进攻不止。9月3日，李世贤从浙江率几十万来增援，两军会合后，进攻更加猛