经过无数次会议和数千小时的讨论后，参加谈判的各国部长和贸易官员就很多问题进行了磋商。这些问题主要包括：美国和其他外国保险公司何时、在什么条件下可以在中国开展业务？外国企业可以拥有中国电信公司多大的份额？外国银行在中国可以开展哪些业务，什么时候可以开展这些业务？中国对国内工业（如钢铁业和纺织业）的保护究竟要维持在什么限度内？外国律师事务所在中国何处可以合法经营？这些问题一旦达成一致，最后的协议签署工作就留给当时中国总理朱镕基和美国总统克林顿了。
虽然世界贸易组织有100多个成员国，但是美国以其强大的实力，对世界贸易组织的决定具有实质上的否决权。当然，其他成员国捆绑在一起也可以对美国的决策起到牵制作用。1999年春天，随着中国加入世界贸易组织的谈判进入最后阶段，华盛顿方面产生了对中国加入世界贸易组织的焦虑。然而在中国，也有一部分人反对选择加入由美国主导的全球自由贸易体系。
为了解决所有的棘手问题，朱镕基于1999年4月抵达华盛顿。这时克林顿被“莱温斯基性丑闻案”搞得十分疲惫，媒体的焦点都集中于此，无暇顾及其他。就连美国出兵科索沃、伊拉克禁飞区上空气氛紧张、将对中美关系未来几十年发展产生重大影响的朱镕基访美等事件，都无法取代“莱温斯基性丑闻案”占据报纸头条的位置。
朱镕基在美国展开了一系列的魅力外交攻势，他在公开场合亮相，还接受媒体专访。在接受《华尔街日报》采访时，朱镕基强调，中国已经无数次对美国所提出的要求让步，尤其是放松了关于外国企业拥有中国公司控股权的限制。他说：为什么中国要作出这些让步？原因是，我们想要维系中美两国之间的友好合作前景，以此为基础建立两国间建设性的战略伙伴关系……我们始终认为，中国不是美国的对手，更不是美国的敌人，而是美国可以信赖的朋友。
与中国有贸易关系的企业愿意听到这样的声音，如美国的联邦快递公司，然而其他企业则对中国领导人的如此表态不以为然。美国企业界热衷于看到中美关系正常化，并支持中美两国开展双边贸易。左翼人士认为，美国企业这样做是以美国工人的利益和国家经济安全为代价的。而右翼人士则坚持“冷战思维”，把共产党视为仇敌，拒绝与中国往来。无论是左翼还是右翼，反对加强中美关系的人都担心，中美两国走得太近会使中国轻易地获得美国的资本和技术，中国人会利用这些资本和技术发展军事、加强国力，在一些关键问题上与西方抗衡。
当美国公众的目光被“莱温斯基性丑闻案”吸引时，白宫方面和贸易谈判代表还像往常一样工作着。1999年4月末，朱镕基和克林顿就中国加入世界贸易组织的一些重要问题达成一致。尽管美国同意中国以发展中国家的身份加入世界贸易组织，但是中国也在美国的要求面前作出了巨大让步，尤其是在电信领域。当时以电子信息和互联网为代表的“新经济”正值发展的顶峰，电子通信业被视为极为重要的行业。朱镕基同意面向外国电信企业采取更加开放的政策，同时给予美国纺织企业一定的保护。尽管朱镕基在与克林顿的谈判中付出了巨大的努力，但是克林顿最终还是无法签署中美双方已经达成的协议并提交国会批准。其中的原因是，克林顿过多地受到“莱温斯基性丑闻案”的负面影响，并要准备应对来自美国参议院的弹劾。此时，克林顿已经没有把握他与中国的谈判结果能够获得国会通过。
朱镕基的美国之行对中美两国关系的未来而言，具有决定性意义。在朱镕基到达美国之前，除了“莱温斯基性丑闻案”之外，占据美国新闻头条位置的还有在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯国家实验室（Los Alamos National Laboratory）发生的“中国核间谍案”。来自中国台湾的华裔科学家李文和（Wen Ho Lee）被怀疑帮助中国窃取美国的核技术，因此，李文和被指控为中国政府从事间谍活动。“李文和案”也对朱镕基访美产生了相当大的负面影响，此后由美国国会委员会发表的《考克斯报告》将这一负面影响推向了极致。
克里斯托弗·考克斯（Christopher Cox）是来自加利福尼亚州的一名共和党议员，后来成为美国证券交易委员会主席。他在国会委员会任职期间，用了几个月的时间进行了一项秘密调查，并撰写成了一份700页的报告，也就是所谓的《考克斯报告》。《考克斯报告》声称，中国从20世纪90年代开始就一直在窃取美国的核技术，并利用窃取来的技术发展中国自己的核军工，这可以解释为什么近年来中国核力量呈现突飞猛进的发展态势。该报告还断言，美国过多地依靠大企业对核心机密进行保护，这种做法是不稳妥的。因为企业在追求自身利益最大化的同时，并不能绝对有效地保护这些核心机密的安全，有时候还可能使这些机密有泄露的危险。相对于实现企业的商业目标来说，对涉及国家安全的核心机密的保护有时不会被企业放在优先考虑的位置。《考克斯报告》完成于1999