决定加快建设中国现代化支付清算系统。2001年，中国人民银行委托深圳金融电子中心开发筹建中国现代化支付清算系统。2002年10月大额实时支付系统首先在北京、武汉投产试运行成功，随后按照“先大后小，边建边用”的原则分批在全国推广运行。2003年12月，大额支付系统推广完毕。2004年2月和11月，香港和澳门人民币清算行分别接入大额支付系统，办理个人人民币汇款及存款、兑换和银行卡业务的资金清算，为香港和澳门人民币回流及旅游消费提供了便利；2004年10月，城市商业银行汇票处理系统接入大额支付系统，依托大额支付系统办理其银行汇票资金移存和兑付的资金清算，解决了城市商业银行银行汇票结算及通汇难问题；2004年11月，中国银联信息处理系统接入大额支付系统，实现了银联卡跨行业务的即时转账清算，提高了银行卡资金清算的效率和控制资金清算风险的能力；2004年11月，中央债券综合业务系统接入大额支付系统，我国的债券交易及其资金清算采用了国际证券业的标准结算模式--“付款交割【DVP】”方式，并为中央银行公开市场操作业务提供即时清算。2006年6月，小额批量支付系统在全国范围成功上线运行，开启了中国金融业支付清算领域的新纪元。
经过几年来的不懈努力，中国人民银行建成了包括大额支付系统、小额支付系统以及支票影像交换系统等在内的中国现代化支付清算系统，为各银行业金融机构及金融市场提供了安全高效的支付清算平台。作为国家的重要金融基础设施，现代化支付清算系统已经成为我国资金运动的大动脉，系统安全稳定运行，对加快社会资金周转、提高支付清算效率、畅通货币政策传导、促进国民经济健康发展发挥着重要作用。
在物理结构上，中国现代化支付清算系统建立有两级处理中心，即国家处理中心【NPC】和城市处理中心【CCPC】。国家处理中心分别与各城市处理中心相连，其通信网络采用专用网络，以地面通信为主，卫星通信为第一备份，拨号通信为第二备份；同时，为保证支付系统安全稳定运行，支付系统所有设备均为双机热备或冗余配置。中央银行会计核算系统【ABS】将逐步集中，将县支行的会计核算集中到地市中心支行，并由地市中心支行的会计集中核算系统与支付系统CCPC远程连接。地市级【含】以上国库部门的国库核算系统【TPS】可以直接接入，通过支付系统办理国库业务资金的汇划。各政策性银行、商业银行可利用行内系统通过省会城市的分、支行与所在地的支付系统CCPC连接，农村信用合作社自建通汇系统，比照商业银行与支付系统的连接方式处理；城市商业银行汇票业务的处理，由其按照支付系统的要求自行开发城市商业银行汇票处理中心，依托支付系统办理其银行汇票资金的移存和兑付的资金清算。公开市场操作系统、债券发行系统、中央债券簿记系统在物理上通过一个接口与支付系统NPC连接，处理其交易的人民币资金清算。为保障外汇交易资金的及时清算，外汇交易中心与支付系统上海CCPC连接，处理外汇交易人民币资金清算，并下载全国银行间资金拆借和归还业务数据，供中央银行对同业拆借业务的配对管理。
大额实时支付系统【High value payment system，简称HVPS】主要处理同城和异地的在规定起点以上的大额贷记支付业务和紧急的小额贷记支付业务。支付指令采用逐步实时发送、全额清算资金。功能包括报文的接收、发送，大额、即时转账等业务的识别，向清算队列提交或撤消清算指令，支付业务撤消、退回信息发送，查询查复，债券自动质押回购，自动发送清算信息，支付信息的管理，支付业务的核对，异常支付监控等。