但付出10多亿元的赔偿金，还弄得华宝元气大伤，其市场份额被后起的珠海格力空调等抢去大半。在某些政府官员眼里，此时的华宝已成了一个尾大不掉的麻烦企业。因此，当潘宁提出新上空调项目的时候，便有人提出将华宝空调划归科龙，以此打造出一个“空调航母”。
潘宁对陷入困境、内部矛盾重重的华宝颇为忌惮。在他看来，与其改造一个结构落后的“老房子”，还不如在一片空地上盖一个“新房子”。而政府方面则当然希望他能够挑起这副“重担”。为此，市长承诺，并购后可以“拨给”科龙一个上市指标，允许它在深圳证券交易所上市。在权力的高压和上市指标的诱惑下，潘宁选择了妥协。就这样，1998年10月，科龙和华宝宣布联合，这是当时国内家电行业规模最大的一次企业联合。
科龙、华宝合并看上去做成了一艘“大船”，但是实际上这两家企业从来就没有真正融为一体，仅从品牌经营而言，科龙决没有能力同时做好两只不同品性的空调品牌。因此，华宝之被弃是预料中的事情。而一个让人更担忧的事情是，随着科龙规模的扩大，政府对之的控制变得越来越直接。1998年12月，就在科龙宣布收购华宝空调2个月后，在没有任何预兆的情况下，科龙集团突然发布公告，潘宁辞去公司总裁职务。第二年4月，潘宁卸任董事长，他的所有职务都将由多年的副手王国端担当。
根据很多当事人的回忆，潘宁对此毫无思想准备。在整个1998年，他一直在全国各地考察，他想收购成都一家军工厂的车间，将之改建成电冰箱生产线，还到河北等省份洽谈建设北方生产基地的事宜。据这段时间与潘宁有过数面之缘的北京大学周其仁教授观察，“潘宁下岗，其实他对此没有做好准备，在过去的1年多里，他一直在四处奔波”。