此外，跟达能的合作，其中最微妙而敏感的一部分便是与娃哈哈的关系处理。
何伯权是这样对外表述的：娃哈哈是乐百氏最主要的竞争对手，与达能合资后，这种竞争格局不会改变，它只会更加良性，会把竞争的焦点放在消费者利益上。我与宗庆后先生是朋友，但在市场上亦互不相让，只要双方采取正当的竞争手段，在市场上可以狠狠地打。
何的这段表白，不偏不倚，无懈可击。可是从营销角度来讲，所谓“消费者利益”可以有多种解读。至少在达能方面来看，有很多种方式是它所不愿意看到的，比如为了阻击对手而被迫投入的巨额广告费用以及刺刀见红的价格战。事实上，在乐百氏合资之后的一年多里，何伯权迅速投入巨额广告，在各重点市场与娃哈哈展开了终端大争夺，而其纯净水更是进行大幅度的让利降价，使竞争的火药味猛然变浓。宗庆后坦言，娃哈哈受到空前的市场压力，营销费用成倍增加而整个行业的利润空间陡然变小。而在这样的竞争中，乐百氏尽管在某些市场夺回了主动权，市场份额有所上升，可是公司的总体效益却没有随着销售额的增长而同比提升，反而呈下滑的趋势。而今视之，这可能是何伯权在乐百氏犯下的“最后的错误”：他在获得了巨额的资金后，并没有进行充足的谋划，在产品研发、人才储备及阶段性市场目标均准备不足的情况下，便贸然地与强大的对手展开成本高昂的终端争夺和价格战，从而加速了企业实力的消耗。
2001年8月，乐百氏被迫宣布进行组织结构的大变动，与何伯权同为创始人的杨杰强等4人均离开了原来的总监岗位，这次匆忙的改组被视为乐百氏发生地震的前兆。
何伯权曾对乐百氏的组织结构进行过解读：改革前的乐百氏是按产、供、销分成若干部门，再由全国各分公司负责营销。为了完成销售任务，分公司都喜欢把精力放在水和乳酸奶这些好卖的产品上，其他如茶饮料那些不太成熟的产品就没下功夫，这对新产品的成熟非常不利。更糟糕的是，由于生产部门只对质量和成本负责，销售部门只对销售额和费用负责，各部门都不承担利润责任，其结果就变成了整个集团只有总裁一个人对利润负责。
改革后，乐百氏采用了事业部制的构架：在总裁之下设5个事业部、8个职能部门和1个销售总部。其目的是利润中心细分化，瓶装水、牛奶、乳酸奶、桶装水和茶饮料等5个事业部每一个都成为一个利润中心。同时减少中间层，集团的权力结构由以前的5人会议，变为1个总裁和14个总经理，成为一个更加扁平化的组织构架。