9月12日财政部以期票担保，向法国中法实业银行借款789万法郎，是为中法实业息款垫款借款。
奉天模范监狱囚犯突然暴动，抢械越狱，军警弹压，击毙囚犯百余名，旋即安定。
福建厦门、金门等地风灾，船只、房屋及人口多有损伤。
9月14日。奉天、吉林发生中日交涉事件。是日，奉天锦县中日军队因日人宫原久与中国岗警口角发生冲突，日人寺町被击殒命。18日，日驻华公使林权助向外交部提出抗议，段祺瑞致电奉督张作霖速查明真相，然后确定外交方针。同日，珲春亦发生中日交涉事件。旅居珲春韩人因走私食盐嫌疑，被中国警察捕去，当地日领馆警察出面干涉，将被捕韩人强行夺回，冲突中日警受轻伤。13日，日领派日军一队到珲春，提出承认日本架设庆源至珲春间电话线、日宪兵驻扎珲春、租借市场给韩人、谢罪等六项条件。强迫县知事承认。18日，外交部派刘崇杰向日驻华公使林权助提出正式抗议，要求日军撤出珲春。
9月15日。孙中山会见河上清希望日本给予军政府武器、军火和大量贷款谓如能获得日本援助，“我们就能推进到扬子江流域，将我们的政府迁移到华中的某一战略要点，然后向北京进军”。一旦任务完成，将与日本结盟。
9月17日。孙中山公布《特别军事会议条例》。规定特别军事会议由参谋总长、海军总长、陆军总长、广东督军、海军总司令、第一军总司令、卫戍总司令以及由大元帅指定之军事参议五人组成，以大元帅为主席，以多数决定等。21日，孙中山召集军政府特别会议，决定军事方面：在长江一带练北伐军10师，由海陆军大元帅统辖；滇军第三师由韶关出发入湘，第四师随海军舰队攻闽。
9月18日刘建藩、林修梅联衔通电湘南自主湖南零陵镇守使刘建藩、驻衡阳湘军第一师第二旅旅长林修梅宣告湘南自主，“与段政府脱离关系。一切军民政务，均与海军两广云南各省一致进行”，并定衡（衡阳）、永（零陵）等湘南24县为戒严区。19日，湖南督军傅良佐令湘军第一师代理师长李佑文率第一旅往攻衡山，并致电北京政府，对南方用兵宜从速准备，先发制人，盼中央电赣闽准备进行，俾两粤军队不敢援湘。20日，李佑文自长沙率队南下。21日，孙中山与非常国会分别致电刘建藩、林修梅祝贺湘南自主。同日，傅良佐颁布长沙戒严令。
孙中山将对德奥两国宣战之意见咨国会非常会议请速公决。17日，戴季陶由日抵沪，并应记者访问说明访日经过。是日，孙中山咨请国会非常会议对参战案公决。22日，戴季陶奉孙中山命出席国会非常会议报告赴日使命，谓日本朝野赞成西南举兵，日外务当局亦谓民党反对段内阁如果理由正常，亦当赞成；对段祺瑞政府借款当严监察用途；民党议员议决宣战问题之后，日本亦可借款赞助；承认为交战团体，则俟政府成立之后实行。同日，国会非常会议经讨论，议决承认对德奥两国处交战状态。26日，军政府布告对德奥宣战。
9月19日。教育部公布《学制调查会规程》，规定该会任务是调查国内外学制，向教育总长提出改革学制意见。
广西发生严重水灾据广西督军谭浩明、省长刘承恩报告，百色、隆安、邕宁、果德、桂平、藤县、苍梧、融县、岑溪等县遭遇严重水灾，冲塌民屋，淹没田禾，灾情甚巨。是日，冯国璋令财政部拨银1万元赈济广西水灾。
9月21日。因河水漫溢，是日，山东利津黄河大堤冲决，淹没40余村，灾情甚重。
9月22日。护法战争爆发。湘军第一师代理师长李佑文与宣告自主的湘军第一师第二旅旅长林修梅各率所部在衡阳城北40里七里滩接战，林军获胜进驻衡山县城。护法战争爆发。24日，马济、林虎所部粤军11营在广州东校场誓师援湘，25日由统领邱渭南、陈志先率师出发。27日，湘军第一师师长赵恒惕抵衡阳，并于次日训示部下勿听妖言，免堕段氏“以湘治湘”之计。28日，傅良佐任命北军第八师师长王汝贤为湘南各军总司令，第二十师师长范国璋为副司令，指挥湘南作战，又密令湘军第二师师长陈复初移驻宝庆，为攻湘南右路军。李佑文所部第一团第三营营长张振武不忍“以湘攻湘”，在衡山县城东北15里之石湾起义，率该营及炮连、机枪连加入刘建藩、林修梅所部湘南护法军，第二团亦全体响应，李佑文败回长沙。29日，傅良佐颁发讨伐刘、林布告，宣称刘、林图谋不轨，反抗中央，纠合匪徒，倡言独立。特令第一师师旅各长官督率所部，先后开往湘南各属，伐罪吊民，相机剿抚，务将各该逆首等拿获严办。陆裕光所部援湘桂军由旅长贲克昭率领抵衡阳。10月1日，陈复初部第四旅旅长朱泽黄奉命率队抵湘乡，4日抵永丰（今双峰县）。2日，湖南宝庆守备第二区司令周伟、第一师团长宋鹤庚联衔通电宣告自主，声讨段祺瑞蹂躏约法、解散国会之罪行及傅良佐为虎作伥，实行“以湘治湘”之祸湘计划，宣布脱离非法政府，与西南各省及衡、永义师一致进行。3日，北军范国璋部前卫第一