5月13日。学部奏定该部官制及职责。主要内容为：（一）学部设左、右丞各一名，秩正三品，佐尚书、侍郎整理学部全部事宜，并分判各司事务，稽核五品以下各职员功过。设左右参议各一名，秩正四品，佐尚书、侍郎核定法令章程，审议各司重要事宜。设参事官四名，视郎中，佐左、右参议核审事务。（二）下设五司及一个司务厅。每司设郎中一名，总理司务；司务厅设司务两名，掌开用印信、收发文件、值日值宿，并管辖本部人员，处理不属于各科之杂事；各司、厅分设书记官若干名；司下设科，每科设员外郎一名，主事一至二名，分别办理各科事务。五司包括：一总务司，下设机要、案牍、审定三科，机要科掌理机密文书，撰拟紧要奏章、文件，稽核、升调京外办理学务的官员，并检定教员，佣聘外国人等；案牍科负责收储各种公文、案卷编类编号，编纂统计报告并掌管各省学务报告等；审定科负责审查教科书，收管学部应用参考书，编录各种学艺报章等。二专门司，下设专门教务、专门庶务两科，前者掌核办大学堂、高等学堂及凡属文学、政法、学术、技艺、音乐各种专门学堂的一切事务，并稽核私立专门学堂；后者掌保护、奖励各种学术技艺，考察学堂与地方行政、财政的关系，办理有关图书馆、博物馆、天文台、气象台的一切事宜，并负责海外留学生的派遣、考评。三普通司，下设师范教育、中等教育、小学教育三科，分别负责师范学堂（包括盲哑学堂）、中学堂、小学堂的教课规程、设备规则，关于师生员工及学堂、地方劝学所、教育会与地方行政、财政有关的一切事务。四实业司，下设实业教务、实业庶务两科，前者负责各种实业学堂的设立维持、教课规程、设备规则及有关师生员工的一切事务；后者调查各省实业情况及实业教育与地方行政、财政的关系，筹划实业教育补助费等。五会计司，下设度支、建筑两科，前者掌理学部经费的收支、报销、年度预决算，管理学部所有财产并核算各省教育费用；后者掌理学部直辖各学堂、图书馆、博物馆的建造营缮，考核全国学堂、图书馆的经营建造情况。（三）设视学官和谘议官。视学官定员12人以内，秩正五品，视郎中，专门负责巡视京外学务；谘议官（不作为实缺）若干人，分视丞、视参议、视郎中员外、视主事四等，由学部奏派或委派，负责学部就重要问题的咨询并提出教育建议。（四）设编译图书局、京师督学局、学制调查局。编译图书局由学务处原设之编书局改办，局中附设研究所，专门研究编纂各种课本。京师督学局内设师范教育、中等教育、小学教育三科，每科设科长一人，由学部人员兼任。学制调查局专门研究各国学制以资借鉴，预备随时改良章程。以上各局长均由学部奏派。（五）设高等教育会议所、教育研究所。前者受学部尚书、侍郎监督；议员由学部从本部职官、直辖各学堂及各省中等以上学堂监督及京外学识宏通、有教育经验的官绅中奏派；议长从议员中选举产生；所中设庶务员两名，掌理所务，由学部派员兼任；每年定期开会一次，遇有重要事件，也可临时召集会议。后者负责聘请精通教育的人员定期讲演，以教育原理和教育行政为主，学部人员均应按时听讲；所内设庶务、编辑各一名，由本部司员兼任。
日本要求续聘日本人川岛浪速为北洋警务学堂监督，被清廷拒绝。
清廷发内帑银10万两，赈湖南水灾。
5月15日。商部奏准统筹全国铁路路线并编定铁路全图。先前商部向清廷奏称，近年以来，各省官绅争筹自办铁路，而各省所定之路线，往往省界分明，各存畛域，对于干线、枝线间的维系，轨道之间的贯通，未能统盘筹划。这样，全国铁路建成后，势必有“参互复沓骈枝拇指”之弊，对于日后铁路的保养维护也不利。商部认为，地方要冲、商旅福辏、物产繁多地区的路线最为重要，稍微偏僻、货物较少地区的路线次之，地瘠民贫、出产不多、商贾转输运销狭隘地区的铁路则可暂缓办理，因而提出：先由各省疆臣选派熟悉工程测绘的人员，将各省已造、未造铁路情况详细分析，咨送商部，再由商部绘出全国铁路路线全图，以后各省官绅请办铁路，应据该部所绘全图分清缓急，指明段落，集资任办。本日，该奏获准。之后，商部咨照各省将军、督抚、铁路大臣等开始照此办理。据7月11日《申报》报道，已有几个省将地图送到商部审定，没有绘好的省份，商部也电催迅速编辑。
学部、礼部会奏，划分学、礼两部办事权限。清廷停止科举及岁科考试后，所有旧有举贡生员和以后毕业的学堂学生与出洋留学生的出路，将分别由礼部、学部核办。本日，礼部、学部会奏划定礼、学两部办事权限折，提出学部负责办理由中外学堂出身取得功名士子的各项事务，礼部办理由科举考试取得功名士子的各项事务。
学部奏准每年定期考试留学毕业生。规定自本年始每年农历八月举行留学毕业生考试，首场考试所学各科，第二场考试国文与外文，最优等赐进士出身，优、中等赐举人出身。凡得进士、举人者来春到保和殿参加廷试，分等授职。
5月16日。