有机质。就这样，光泽洁白的牙齿在它们的共同作用之下逐渐崩解，出现了蛀牙。又如，我们的皮肤暴露在外面，这样它每天都会接待数以万计的暂居菌。其中，无害的粉刺棒状杆菌、白色葡萄球菌就会吸附在皮肤上，给步入青春期的男女面部和胸背部留下痤疮。此外，随呼吸进入人体的一些所谓的正常菌群，它们潜伏在人的鼻咽部位，随时可能兴风作浪，有碍健康。而且还有数据表明，正常菌群可能与人们罹患癌症有关。例如，有些人总是喜欢吃高脂肪的食物，这样他的胆汁分泌就会多于常人，而胆汁中的胆盐与脂肪酸经过肠内厌氧细菌的作用，就可能产生致癌物质。由此看来，正常菌群是人类的凶顽，是人体健康的潜在威胁。
但是也有人提出，正常菌群在身体内的功能是功大于过的。他们列举了支持这个论断的许多证据。比如正常人每天的新陈代谢需要从体内排除二氧化碳、少量甲烷和氢气，这些气体算起来大概有400至650毫升，而这些气体都来自胃肠道正常菌群的发酵。显然，人体的正常代谢是离不开身体内的正常菌群的。此外，正常菌群还为人体提供包括维生素B和维生素K在内的多种营养，特别是维生素K，缺乏维生素Ｋ会使凝血时间延长和引起出血病症，人体需要的几乎所有的维生素K都来自于肠道内的正常菌群。
再比如，医学界经研究发现，人工喂养婴儿的患病率高于母乳喂养婴儿，其原因就是人工喂养的婴儿肠道中缺乏双歧杆菌。而双歧杆菌就属于身体内的正常菌群，双歧杆菌菌体内含有多种维生素，而这些维生素恰恰能促进人体的生长发育。更重要的是，已有实验证明正常菌群能提高机体免疫力。那么前文所提到的正常菌群导致人体发生病变又怎么解释呢？很简单，科学家们认为，正常菌群只有在其生存的正常条件发生变化的时候才会变成致病菌，也就是说正常菌群与人体始终保持着平衡状态的情况下，菌群之间就会相互制约，维持相对的平衡，不会对人体产生坏处。但是如果人长期服用广谱抗菌素或长期患有消耗性疾病，这些平衡就会受到破坏，无害的正常菌群就可能转变为有害的致病菌。
由此可见，虽然我们知道正常菌群对人体的营养、免疫、生长发育、代谢、肿瘤发生以及衰老都有重要影响，但是对它们的特性以及对人体的作用机制还了解甚少，因此要想评价正常菌群的是非功过，还有待于人们进一步的研究和实验。