是不同种类的鸟还有不同的迁徙方式。
例如，大多数种类的鸟会飞离径直的航线，以免在开阔的水域上空长时间地飞行。
这好像很合乎逻辑，因为陆地生活的鸟在开阔水域上没地方可以歇脚或觅食。可是为什么有些鸟偏偏要进行这样艰难的飞行呢？黑顶自颊林莺怎么会接连四天在海上进行不着陆飞行？
更叫人困惑不解的是，红喉蜂鸟要吃大量的食物方能维持两翼极其快速的拍动，为什么能从美国南部到尤卡坦半岛再回来，进行跨越墨西哥湾的长途飞行呢？按理说在所有各类鸟中，它们最有条件绕道靠近陆地飞行，免得飞行8045千米，越过墨西哥湾。
像这样一些叫人费解的问题，使许多专家怀疑自己究竟是不是真的了解鸟类迁徙之谜。在20世纪的头几十年中，确定鸟类迁徙方式的工作有了一些进展，因为在鸟类筑巢地给鸟腿加箍带或环的做法得到了普及。
另外，全球的鸟类观察爱好者见到带箍的鸟儿时愿意报告消息。
在他们的帮助下，科学家绘制出了复杂的鸟类行程地图，关于鸟类迁徙的位置和时间问题因此有了详细解答。仍然让人捉摸不透的是迁徙的机制问题。
人们已经搞清，大多数种类的鸟不是拖家带口迁徙。在大部分情况下，雄鸟比雌鸟和刚会飞的幼鸟先离开夏季筑巢地。
雄性的红喉蜂鸟早在七月底便动身回墨西哥，而同种的雌鸟和幼鸟要在美国待到十月份。另一方面，三种天鹅，包括小身材的冻土带天鹅和大得多的号手天鹅（两者都是北美的鸟类），却是举家从阿拉斯加和加拿大的筑巢地，迁徙到美国境内的冬季觅食地。
天鹅合家迁徙的原因，在于它们成熟得比大多数鸟类慢，幼鸟需要得到一切可能的帮助，才不至于在迁徙途中迷路。
以上解释本身又引起一个更加复杂的问题：为什么有些鸟儿好像对迁徙路线有天生的感觉，而另一些鸟类似乎更加依赖父母的引导？不同类别鸟儿之间的这种差别，蕴涵着一个令人不快的答案：不同的鸟有不同的导航系统。
果然如此的话（其实有很多人同意这一点），要真正理解鸟类的迁徙便不止是拿出一套理论，满足于给鸟类迁徙提供一个大体说得过去的解释，而要审视范围广阔的一系列导航模式。
从20世纪70年代起，科学家提出了种种导航系统。
可能因为飞翔实验太复杂，研究人员几乎总是专注于问题的个别方面，形形色色相互争执的理论应运而生。
所有研究人员都同意一个基本的观点：鸟类跟哺乳动物一样，受昼夜节律支配。鸟和人类都有内部时钟，与地球24小时的自转相协调。
这种协调在鸟儿身上可能比在人身上还要强。在人为控制的环境中突然变换日照时数，鸟儿得花两三天时间才能适应过来，而且在此期间，它们的习惯及睡眠周期会受到少许妨碍。
经过调整之后，它们的内部时钟又趋于稳定，并按24小时的周期运转，不管外界刺激怎样。
人们普遍相信，存在精确的内部时钟对于鸟类的迁徙至关重要。
在地球每天的自转中，一个地理位置每小时转过经线15°（15°×24小时=360°）。若计时出现错误，每误差1秒钟，会偏出航向296千米。显然，凭昼夜节律本身还不可能理解鸟儿在飞翔了成百上千千米后，回到同一筑巢地时为何会有分毫不差的精确性。
另一个明显的导航因素是敏锐的飞翔视力。你走进自家院落时也许会惊讶地发现，一只蓝瘸鸟不知从哪儿飞扑下来，抓起你脚下的一只田鼠，你甚至都来不及反应过来。
类似这样的经历生动地证明了大多数鸟儿的眼力非常好。“鸟瞰”一词则提示了鸟类在迁徙中眼力非凡的另一侧面。
不少专家推测，卫星照片上揭示的地面细节哪怕再出色，也没有鸟儿在飞翔中看见的那么精确。
不过把飞翔视力看得太重要也有问题。很清楚，鸟儿运用极精确的视力猎取食物和在巢区内导航。但很少有证据表明，地面标志在长距离飞行中起着特别重要的作用。要在这种地方做实验是很难控制条件的，已经做过的研究使人怀疑视觉标志在迁徙中没有起多大作用。
假如由于地震、洪水、森林火灾或人为破坏、景观突然改变，那么在长途飞行中倚重视觉线索只能造成困扰，不会有别的结果。
要是陆地标志不那么重要，空中标志又如何？
太阳或星星的位置在迁徙中起什么作用？有证据表明鸟儿像人一样，不能直视太阳。鸽子在飞翔时能利用自身在地面上的投影，已成为定论。
1968年，鸟类研究的首要权威杰弗里·马修建立了一个理论模型，描述鸟类利用所谓“太阳罗盘”的能力。这一模型要求鸟儿能够计算让一般高中生发憷的角和平面，但这不是没有可能。
自然界中普遍存在着本能的数学天赋，从蜜蜂筑巢，到海獭筑坝。另一引人注目的理论是JD佩蒂格鲁提出的