王导身为当朝宰相，不居功、不自傲，像当年诸葛亮辅佐刘备一样来辅佐司马睿，竭尽全力使晋室中兴：开学校、兴人才、倡节俭、设史官、治江河、振农业、置商市、储国库、抓国防、立基业……这些大事，一件接着一件忙活，把这位开国元勋，累的日益消瘦，差一点吐血。
司马睿初当皇帝，几乎是“一穷二白，白手起家”，比愍帝也没好哪去，不说“户不盈百，蒿棘成林，公私车仅四乘”，但“百官无章服、印绶……”，肯定是存在的。当时国库空虚，只有数千捆粗纺白布，切又卖不出去，王导很是心急。到了夏秋换季之时，王导想出一个办法：试着派人将白布染色，自己掏钱找缝纫匠裁，先做了一套新式样穿在身上，在大街小巷，招摇过市。用现在的话说，叫引导世界服装新潮流。
“宰相衣褶，上行下效”。众大臣都说好，不管是否口是心非，但在客观上，还是起到了“争先恐后效仿之”的作用、结果。随之而来，是众大臣家人及京城百姓的纷纷仿效……不久，这数千捆粗纺布都高价卖出去了，还趋之若鹜，供不应求。王导于是又派人四处采购粗纺白布、继续染色、出售，使国库很快有了积蓄。
王导辅佐司马睿，可以说是鞠躬尽瘁、呕心沥血。但晋元帝还是很快地疏远了他。起因是刘隗和王敦。
刘隗，彭城（今江苏徐州）人。起家秘书郎，后迁冠军将军、彭城内史。他与尚书令刁协，同为元帝心腹，说话直率，推心置腹，被元帝特别赏识，委以宰相司直重任。
宰相司直是宰相的下属，表面看，是协助宰相监察不法官员的，实际上却起着监察宰相的作用。用现在的话说，就是皇帝有点不放心宰相，是安其身边的耳目、特务。
一日，刘隗对晋元帝说：“建康之地，虎踞龙盘，扼守长江下游，出海口要冲，战略位置虽然重要，但来自上游威胁，不好防御，亦难抵挡。现在，朝廷内外，都是王氏家族把持，文有王导，武有王敦。倘若这兄弟俩一文一武之配合，那晋朝就前途堪忧，无异乎名存实亡？尤其是，王敦，重兵在鄂州，自己任命官员，军政大权集一身，不服天朝管，倘若真要造起反来，不出几日，他就是当年的晋武帝，陛下就是东吴的孙浩。所以，你现在要三思而行，务必要加强集中皇权，削弱王敦兵权，找个机会，埋伏下刀斧手，把他宣进朝廷，杀了。”
元帝有口难言。他之所以重用王家这兄弟，一半是因为这俩人有本事，另一半则是：至今为止，他还没发现，有谁比王导是更衷心更好的谋臣。但话又说回来，王导现在是衷心，但有谁能保证他将来不野心、不变心呢？害人之心不可有，防人之心不可无，是不是？这事，放在一般人的身上，也是块心病。更别说放在一个刚刚当皇帝的司马睿身上了。
夜不能寐，辗转反侧。元帝合计来合计去，最终还是没有采纳刘隗，杀王敦的意见。最终走的是比较稳妥之道路：为确实削弱王敦的军政大权，任命刘隗为镇北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事，并对扬州百姓当兵、奴役等，均有征发权；同时，进一步重用刁协和刘隗，罢了王导宰相之职，更加疏远他。
醉翁之意不在酒。王敦知道这个消息，就在鄂州今武昌之地，给元帝上书，指责他背弃“管鲍之交、之义，”替王导鸣不平。元帝没反应，王导对王敦“鸣不平”还有“邀请”，也置之不理。王敦拉不到大旗作不成虎皮，索性就以“清君侧，诛刘隗”之名义，从鄂州起兵，杀奔建康而来。
元帝忙召集刘隗和刁协等人，商议退敌之策。
刘隗和刁协主张，先杀了王导等王氏族人再说。元帝不从，道：“在江南，王敦和王导，都根基雄厚，有众望所归之势。杀了王导等族人，一是寒了天下名士的心，二是让王敦再也无所顾忌，一旦攻破健康，就会血洗。依朕的旨意，你们俩先积极领兵，做好抵抗王敦的准备；朕呢，找王导，让他写书信劝降王敦。劝成更好，劝不成就由你们俩共同对付王敦。”
王导，真是个伟丈夫的忠臣义士，他按照元帝的意思，给王敦写去了“劝降书”，义正言辞。最后要挟道：“如不悬崖勒马，停止进兵，你就是逆臣贼子，我们再也不是兄弟，从此情断义绝，势不两立。”
王导的劝降书，没起作用。王敦，还是打进了建康城。刘隗和刁协带着残兵败将，要挟持元帝逃跑。元帝说：“你们俩，还是先逃活命吧！有王导在，朕料定王敦，不会对我怎么样！”
小人总归是小人。作为元帝宠臣的刁协与刘隗，平时围着元帝，鞍前马后，极尽阿谀奉承之事；战时，丢盔卸甲，在生死攸关尽头，竟丢下元帝于不顾，各自带着一队人马，逃自己的活命去了。可悲可叹，刁协逃至江乘时，被赶上的追兵所杀；刘隗比兔子跑得快，狡兔三窟，他都认为不安全。惶惶不可终日，最后如丧家之犬，向北、向北，投奔石勒，去了。
打进建康城的王敦，要废元帝自立，王导联合一些刚正不阿的文武大臣，极力阻止、反对。王敦碍于王导的手足之情，还有元帝冷峻戒备他的眼神，只好退一步，