一、镇压共产党人和民主人士
1．捕杀共产党人
南京国民政府建立之后，蒋介石便一直致力于稳定这一政权的统治。当时，中共是蒋介石最大的对手，国民党左派一直与蒋介石的政权进行着不懈的斗争，一些社会民主人士也通过各种形式表达自己的呼声，反对蒋介石的法西斯统治。与剪除地方军阀割据和“围剿”红军不同的是，蒋介石对国民党左派及社会进步民主人士的镇压主要依靠他建立起来的庞大的特务组织。
蒋介石建立南京国民政府之后，立即开始清党，白色恐怖笼罩全国。1927年4月26日，南京国民政府通电中外，表示接受国民党中央政治会议咨请《查办共党分子案》。随后又发出《通缉共产党首要》的“秘字第一号命令”，明令缉拿鲍罗廷、陈独秀、吴玉章、徐谦、邓演达等共产党员、国民党左派人士和其他著名社会活动家190余人。5月17日，国民党正式成立“中央清党委员会”，以邓泽如为主任委员。
接着又指派各省、市“清党”委员，组织各地方“清党委员会”，在全国普遍实行“清党”。5月21日，国民党“中央清党委员会”颁布《清党条例》，将国共合作时期加入国民党的共产党一体查办，清除出国民党。8月4日，国民党中央执行委员会训令各级党部和军政机关全体动员，镇压和解散各地的共产党组织，逮捕共产党分子。
国民党反动派在“宁可枉杀千人，不可使一人漏网”的口号下，血腥屠杀共产党人和革命群众。全国共产党员的人数由国民革命时期近6万人减少到1万余人。仅上海一地，在蒋介石发动四一二反革命政变后的5个月内，被杀害的共产党员、工会干部和革命群众就有两千余人，被捕入狱和被迫逃亡者则在万人以上，共产党员的人数由原来的八千人骤减至1220余人。在武汉，汪精卫发动七一五反革命政变前，有共产党员八千余人，到1927年10月底、11月初，仅剩600余人，中共湖北省工委的工作人员几乎被捕至尽。1927年12月，广州起义后的3天之内，就有5700余名共产党员和革命群众被杀害。在北方，奉系军阀在北京等地大肆捕杀共产党人和革命群众。在反革命的屠刀下，许多著名的共产党员和工农运动领袖壮烈牺牲。
革命群众组织被解散或封闭，从1927年3月以来，蒋介石从南昌至上海，走一路，杀一路，仅一个多月时间，就有赣州、九江、安庆、宁波、杭州等地的总工会被封闭或解散，四一二反革命政变中，上海总工会惨遭破坏。国民革命后期，上海全市先后建立了16个产业工会、8个地区工会，登记在册的工会组织达502个。政变期间，这些工会大部分被解散，其余的都被迫转入地下。广东的反动派发动了四一五反革命政变，查封了中华全国总工会广州办事处、省港罢工委员会、铁路总工会、中华海员工会联合会等，广东全省被解散的市、县总工会及其所属各产业部门工会共有206个。
七一五反革命政变中，汪精卫占领了中华全国总工会和湖北全省总工会会所。全国各地共有146个工会被封闭或解散，剩下有组织的工人不到三千人，能影响的工人只有1万余人。从1928年1月至8月，有近10万工人被杀害，还有1．7万余工人被捕入狱，全国工会会员由国民革命时期的280万人下降到3万人。
在农村中，农民协会会员在国民革命时期有915万人，这时，也大都被打散了，农民运动领袖被缉拿捕杀。有组织，有规模的工人和农民运动不复存在了。
蒋介石还把一切革命行动，统统归之为“犯罪”，予以残酷镇压。1928年2月7日，国民党二届四中全会通过了《防范共党扰乱阴谋案》，确定“共党之理论、方法、机关、运输”，“均应积极铲除或予以防范”。2月底，国民政府公布了《暂行反革命紧急治罪法》，规定“意图颠覆中国国民党及国民政府，或破坏三民主义而起暴动者”，或“宣传与三民主义不相容之主义者”，均以“反革命罪”论处。8月1日，国民党二届五中全会又通过《民众运动案》，规定组织任何民众团体，“必须受党部的指导和政府的监督”。1929年12月2日，南京国民政府颁布了《反省院条例》，并依据这个条例，在各地普遍设立反省院，专门迫害共产党人和进步人士。这些法令的实施，把国民革命中人民群众争得的民主权利破坏殆尽。
南京国民政府还对中共首脑机关进行疯狂的破坏。据国民党官方的统计‘材料称，在国民革命失败后的三年间，破坏中共中央机关及其有关组织14次，破坏当时中共省委之中最具实力的江苏省委机关9次，破坏北方最大的中共省委机关河北省委4次，破坏山东省委机关3次，其余中共省一级机关也有不同程度的破坏。中共的附属和外围机关也有相当大的损失，总工会被破坏4次，互济会被破坏3次，反帝大同盟和共青团中央各被破坏3次，等等。
中国共产党的干部队伍遭到严重损失。中共有3位总书记被捕，有111名党团政治局委员和中央委员被捕，有829名省市委干