央军事委员会，一方面竭力为自己辩护，另一方面则虚假地承认“专擅之罪诚不敢辞”，并要求“应自请从严处分，以示惩戒，而肃纪律”，这些举动缓解了当时的紧张气氛。
其二，缩小事态。中山舰事件后，蒋介石即尽量缩小打击面。在许多场合中声称中山舰异动“现在尚未审问明白，即使他（李之龙）如果有罪，也只是他一个人的问题，不能牵涉到团体身上。”宣布“三月二十日的事件，完全与共产党团体没有关系的”，主要责任只在李之龙，即使对李之龙亦不想深究，因他毕竟是自己的学生；即使共产党也只在黄埔军校的第一军内，目的在于“免除本军内部之纠纷”，与其他各军无涉，恳求汪精卫和其他各军的谅解与支持；对于苏联顾问则谎称“对人不对俄”，仅仅要求撤换季山嘉等3人，而欢迎鲍罗延、加伦速回广州，继续合作。一场反对孙中山三大政策的反革命武装暴乱，就这样被蒋介石用花言巧语“大事化小”、“小事化了”了。
其三，为掩饰自己的阴谋和使自己免于陷入被动，蒋介石又演出了一幕周瑜打黄盖的丑剧。宣布事件本身是个“误会”，并把“误会”的一切罪责推到“帝国主义走狗及奸人身上”，处分了制造事件的孙文主义学会分子：免去王柏龄二十师师长、陈肇英虎门要塞司令的职务，责令他们离开广州；免去吴铁城新编十七师师长兼广州市公安局长职务，送虎门要塞监禁；其他如欧阳格、陈策、徐桴等也都受了处分。这样，蒋介石就以领导者的超然身份，“公正”地处理了中山舰事件的肇事者，取得了主动权。
其四，打击右派。蒋介石通电全国，严词斥责西山会议派及其他右派分子等为“帝国主义之工具，希图颠覆政府，摧残本党，竟敢不法通电，视中正为傀儡，殊堪痛心”。宣布西山会议派的二大会议为“非法行为”，“我们为党国计，大家都要群起而攻之，铲除障碍”，“要当他们是在党的罪人，是我们全体党员的仇敌。”
蒋介石在中山舰事件中，可谓一箭三雕，即打击了政敌，争取了个人权力，又仍以公正面目出现，得到各方面的谅解和支持。
三、整理党务案