司令部指挥，而侦查部队只是属于某支部队或最高也只是个别军种指挥。因此在层次上，特种部队就远高于侦查部队，可以说是从整个三军的联合作战层面进行任务执行，甚至有的情况下行动是直接是国家领导人授权。
再者从事的任务，特种部队从事非传统作战的因此任务非常广泛，从侦查、偷袭、解救人质、营救飞行员、暗杀、指示目标、突击、组织敌后装和训练部队等，其渗透距离完全是大纵深的，甚至是深入敌国腹地，而且可以长期在敌国腹地进行独立作战，而侦查部队是从事传统作战的，因此执行任务相对要窄一些，渗透的距离就远没有特种部队深，只能是在正面战场纵深。
因此特种兵的单兵装备和作战素质及意志远高于侦查兵。
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