比较多的半音，这种不和谐就会很明显。如果钢琴是按“五度相生律”来决定各键的音高，那么只要旋律中涉及到很多黑键，弹出来的效果就一塌糊涂。
这种问题在弦乐器上比较好解决，因为弦乐器的音高是靠手指的按压来决定的。演奏者可以根据不同的音域、旋律的要求，有意地不在规定的指位上按弦，而是偏移一点按弦，就能解决问题。可是键盘乐器（比如钢琴、管风琴、羽管键琴等）的音高是固定的，无法临时调整。所以在西方中世纪的音乐理论里，就规定了有些调、有些音是、有些旋律是不能用的。而教堂的管风琴，为了应付各种情况，就预先准备许多额外的发音管，以至于有的发音管竟有上万根之多。这种音律规则上的缺陷，导致一方面作曲受到限制，另一方面演奏也很麻烦。
对“五度相生律”12声音阶的进一步修改，东、西方也大致遵循了相似的路线。比如东晋的何承天，做法是把（3/2）12和27之间的差距分成12份，累加地分散到12个音阶上，造成一个等差数列。这只是一种修补，并没有从根本上解决问题。而文艺复兴之前，西方音乐界通行的“平均音调律”（Meantone temperament），也是在保证纯五度和纯四度尽量不受影响的前提下，把这些差距尽量分配到12个音上去。这种折衷都是一种无可奈何的妥协，大家其实都在等待新的完美音律出现。
终于还是有人想到了彻底的解决办法。即在一个八度内均分12份，直接把2:1这个比例关系开12次方。也就是说，真正的半音比例应该是21/12。如果12音阶中第一个音的频率是F，那么第二个音的频率就是21/12F，第三个音就是22/12F，第四个音是23/12F，……，第十二个是211/12F，第十三个就是212/12F，就是2F，正好是F的八度。
这种新的音律就叫“十二平均律”。首先正式计算并明确成文的发明者是一位中国人，名叫朱载（公元1536-1610年），字伯勤，号句曲山人，他是明仁宗后裔、郑恭王朱厚烷之子。他不重爵位，潜心学术研究，于万历十二年（公元1584年），写成 《律学新说》 ，提出了十二平均律的理论。
他用珠算开方的办法（珠算开12次方，难度可想而知），首次计算出了正确半音比例，具体说来就是：用发音体的长度计算音高，假定黄钟正律为1尺，求出低八度的音高弦长为2尺，然后将2开12次方得频率公比数1.059463094，该公比自乘12次即得十二律中各律音高，且黄钟正好还原。
这种方法第一次解决了十二律自由旋宫转调的千古难题，使十二律不能周而复始的难题得到了彻底解决，成为人类科学史上最重要的发现之一。它比 “三分损益律”衍生的“五度相生律”和“纯律”都要好很多。可惜的是，他的发明，和中国古代先灵其它一些伟大的发明一样，被淹没在历史的尘埃之中，很少被后人所知。
朱载的“十二平均律”理论对世界音乐理论有重大贡献。直到一百多年之后，德国音乐家威尔克迈斯特才提出了同样具体的理论。
“十二平均律”的12声音阶的频率（近似值）分别是：F（C）、1.059F（C#／Db）、1.122F（D）、1.189F（D#／Eb）、1.260F（E）、1.335F（F）、1.414F（F#／Gb）、1.498F（G）、1.587F（G#／Ab）、1.682F（A）、1.782F（A#／Bb）、1.888F（B）。
现在所有的半音都一样了，都是21/12，即1.059。以前的自然半音和变化半音的区别没有了。
“十二平均律”基本上保留了“五度相生律”最重要的特性，又加上它完美地解决了转调问题，所以取代了“五度相生律”的统治地位，对世界音乐文化史的进程产生了深远的影响。现代的乐器制造都是用十二平均律来定音的。
十二平均律制包括了乐音的标准音高、乐音的有关法则和规律。钢琴就是按“十二平均律”来确定各键音高的。钢琴键盘上共有黑、白键88个，即据此制作。钢琴上的所有白键对应的就是原来7声音阶中的C、D……B，所有的黑键对应的就是12声音阶中新加入的C#、Eb……Bb。学生们学习的do、re、mi也是按“十二平均律”修改过的7声音阶。
由于“十二平均律”允许随意转调，这就让作曲家可以更为地自由创作。以前由于各音之间的半音“不等距”的问题，有些调被认为不能写作的，现在也可以毫无阻碍的进行创作了。也就是说，在原来的7音阶之外，现在人们可以在12音阶中选取其它的7个音来作为音乐的“标尺”了。这可以给作曲家们以更大的创作自由。
说到这里，不得不提到巴洛克时期和巴洛克音乐(Baroque），巴洛克源于葡萄牙语，baroque原意为不圆的、形状不规则的珍珠。古代把“巴洛克”这个词看成是一种奇怪的、过分雕琢的、独特的极不值得赞美的艺术。