弟徐宝箴代理军长。不久，驻防江阴的第七十四旅全军哗变，徐军改为江苏陆军第四师，徐宝箴任师长，马玉仁的第四十七团缩编为护军营，马改任营长。
是年夏，革命党人发动讨袁的“第二次革命”。袁世凯派张勋由徐州南下攻打革命党人，委任冯国璋为江苏督军。张、冯组织力量准备攻打南京，改徐宝箴的第四师为第二军。马玉仁接受书记官辰宦献计，致电袁，愿为效力，袁遂下令升马为混成旅旅长，马乘机将原有护军营的马、步、炮、辎重各队扩编成旅。马奉张、冯之命，任攻宁西路支队长。8月1日，在六合一带打败国民党人原安徽都督柏文蔚部，缴获甚多。袁授马为陆军少将，奖三等文虎章一座。8月12日，马率领混成旅由六圩渡江，攻克镇江，威震沪宁线。8月18日，奉命西进，击败驻龙潭的讨袁军，严重威胁南京城。中外报纸争刊马旅战讯，名噪一时。张、冯任马为攻宁东线前敌司令，节制东线定武军及第二军有关旅团。马从龙潭出发，克栖霞、占钟山、攻南京，血战十昼夜。9月1日首破太平门。入城后，又巷战两昼夜，打败国民党人黄兴部队。由是，讨袁军和江苏军对马刮目相看。北洋政府于11月28日攫升马玉仁为陆军中将，实授扬州游击统领。因扬州盐运使张弧等以马军纪不佳而阻其入城驻营，冯国璋乃指令马部机构驻十二圩。
1914年5月，袁授予马三等嘉禾章一座。7月，随苏皖巡阅使宣武上将冯国璋进京晋见袁世凯，被赏五狮军官刀一柄。
1916年3月，马玉仁因办陈小狮子案出力，又被赏军刀一柄。5月，冯国璋委任马玉仁为第一混成旅旅长。马任混成旅旅长时，深感文化不高，常被同僚们取笑。于是，延聘第六师范教师做家庭教师，立好读书习字课程表。马玉仁立正听课，老师请坐，马方就坐听课。子侄等读书，立三等奖励，甲等为洋琴一台，乙等为手表一只，丙等笔墨文具一套。一时马宅内书声啷啷，读书识字、学琴画画蔚然成风，纸牌麻将销声匿迹。6月，袁世凯复辟称帝在人民的唾骂声中死去，冯国璋任副总统，冯为拉拢亲信扩大势力，授予马玉仁总统府咨议头衔。
抗日战争爆发后，马玉仁目睹日军实行“三光”政策，热血沸沸，曾说：“天下兴亡，匹夫有责，正为男儿立志时，吾老矣，吾尤将吾未亡之躯，奔赴疆场，马革裹尸，何所惧哉”好心人劝他“不要冒这个险”他说“山河破碎人心肝碎，日月不圆我火燃”，“我就是要找这个好死场”，逐集训佃户中青壮年，准备抗日，不久，蒋介石任命马玉仁为苏鲁战区第一路游击司令。
他集资购买武器弹药，自费抗日，孤军转战海口与阜城之间，每次战斗，必身先士卒，竭力用命一年多时间，与日军作战十多次，比较激烈的有6次，共毙伤日伪军80多人，击毁日军汽1艘，钉掉劝降的汉奸，马部参谋长金新吾，枪毙为韭歹的嫡侄马益华，他反复告诫所部官兵，“谁当汉奸，我就打死谁？”从而，伸张了正义，鼓舞了士气。
1940年1月3日，马玉仁在新吴乡合尖（今陈洋镇新条村）和日军打仗时，开始战士畏惧，不敢冲锋，马玉仁身先士卒，物举冲锋枪，冲在最前面，边冲边喊“子弹不打有福的孩子”战斗中，不幸小腿受伤，腹部中弹，他料到这次性命难保，便解下围巾，包了自用手枪和金项链，怀表，抛出丈外，以免被日军识破受辱，马玉仁终因流血过多，英勇献身，享年65岁。
抗日战争胜利后，国民政府军事委员会追认马玉仁为陆军中将。