一直在京师，因为朱棣发动靖难后不久，王戈就策动了晋王朱济熺起兵响应，山西也有一部分卫所官兵选择跟随晋王，周邦合并非其中之一，而是选择了观望不动，甚至若有机会，可能会选择协助朝廷剿灭晋军、燕军，毕竟在当时看来，朝廷占据着绝对的优势。但是后来被王戈连骗带哄，让周邦合也跟着加入了燕军，等到意识过来被骗了后，已经是“上了贼船”，来不及跳了，只能是跟着一条道走到黑，却没想到走出了个靖难功臣。虽然周邦合大部分时间是协助晋王守御山西一地，并没有太多的战阵功绩，但最后酬功的时候，还是没有少了他的封赏，直接进了兵部任职。