，陆军分成了四个旅，分驻在基隆、花莲、刺桐和香山，遇到作战任务，则由铁路线在全台调配；另外还成立了一个机动团，驻扎在基隆港，装备了30辆东风皮卡和100多辆长江摩托车，作为一个机动力量，归参谋部直接指挥。
除了在台湾本土上的建设以外，水师还在澎湖、钓鱼岛、与那国岛、兰屿岛等围绕在台湾的小岛上，建设了长波电台站，作为联络海上船只和监视哨。
从上次谈判破裂以后，日本在台湾外海和海峡中遇袭的船只越来越多，每个月都会有好几条船在台湾附近失踪，不仅船找不到，连人员都无一生还。由于日本的很多物资都是从海外进口的，而台湾正卡在日本和西亚、欧洲的航线上，严重的影响了日本的物资进出口。现在很多日本船只都不再敢走台湾航线，而是绕行更远海况更复杂的菲律宾航线，加大了运输成本和危险性。
对于这种说不出来的难受，日本政府已经忍了很久了，终于在1897年6月爆发了。日本政府集中了手中的大部分能用的战舰，组成了一支大舰队，载着一个整编师团的陆军兵力，第三次集结在琉球群岛。
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