献忠也遭遇了一场大败。
七月二十二日，张献忠离开了重庆，打算继续西行泸州，同时，卢象升在得到了朱變元的支持后，重新又组织起了一支五万人的军队，同时石柱总兵秦良玉也借渡到他麾下听命。
七月二十五日，张献忠攻打泸州，泸州知州率领城中军民殊死抵抗，张献忠一连攻打了五天都没有攻下，他倒是想用火药再次炸开城门，可这次，泸州知州是做好了死守待援的准备，它不仅名人加固了城墙，而且用三百块条石，将三门（南面为水门）全部堵死，张献忠把从重庆来的火药用了个精光，却仅仅把城门炸开了一个缝，只能通行一人。
张献忠这次是彻底没法了，就在他准备撤军的时候，八月初一，卢象升率领六万兵马从成都追到了泸州城下，张献忠被迫迎战，双方大战一场，张献忠三十万大军被两面夹击，最终溃不成军。
这次张献忠连北走的机会都没了，他只能选择西逃。
但这一次就没那么轻松了，八月初四，卢象升接到了洪承畴的命令，“灭贼”，于是卢象升命令秦良玉急行军，先于张献忠抵达了重庆，在重庆城外设伏，结果张献忠又一次惨败，最终只带着两百余人向着北边逃走。
此战过后，中原基本海晏河清，没有大股流寇出现。
崇祯得到四川的战报后，觉得时机已到，便命令户部开始重新清丈全国土地，但是却遇到了百官的抵制，原因不言自明，他们都不希望自己隐瞒的土地被查出来，并且被纳税，没办法，崇祯也不想在这种事情上和大臣闹得太僵，于是他退而求其次，以流寇杀人甚多，田地不可荒芜日久为由，下令清丈山西、河南、四川、江西四省的土地，这一次反对声小了许多，在崇祯的坚持下，最终得以推行。
九月三日，崇祯命内阁大臣毕自严为田丈大臣，全权处理土地清丈事宜。
原本崇祯以为，这应该是一件有些麻烦的事情，但没想到仅仅过了三个月，毕自严就上报了清查结果，让崇祯更难以置信的是，四个省的无主田地，加起来还不到五十万顷，这是在秀智商的下限吗？毕自严之前的奏折还说，仅山西一省，荒芜的田地就不少于七十万，现在倒好，几个月时间，这些地一点不剩，全没了……