息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。
……2月
——上旬，第十五使徒来袭，后来零号机以朗基努斯之枪消灭目标。
——中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，丽的遗体在插入栓中发现，律子命秘密处理，真嗣发现丽毫发无伤，这其实已经是第三个丽了。
——几天后，美里解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。同时，律子破坏DUMMYSystem。
——下旬，明日香失踪。七日后，被谍报部二课寻回。
——第五适格者渚薰抵达NERV，真嗣对薰产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。途中薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。丽亦展开同等力量的AT力场，中和结界。
——最后使徒————熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线，天国之门开启，初号机捕获使徒，但渚薰自愿被初号机杀害。
……3月
——上旬，某日上午5时59分，美里终于知道第2次冲击的秘密。
——律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。