克隆，这便是她真正的最后千年
与此同时，旧大陆已经出现了巨大的转变。久未现身的神灵使得大陆上诸神尽皆陨落的传言越发流传，各国的君王也已经蠢蠢欲动，甚至酝酿开诛神的阴谋。当女娲重归大陆的时候，展示的神威让民众再一次跪拜，不甘的帝王们也暂时隐藏起野心与阴谋。面对眼前万人朝拜这一熟悉的景象，女娲却敏锐地察觉到了一丝不同。心变了，没错，就是他们对神的敬畏之心少了许多，无论是君王还是臣民都对神缺少应有的敬意，想通这点的女娲皱起了眉头，这可不是什么好兆头。
但是女娲并不留恋神所享受的那种尊崇，她只不过是借用神的身份为修复方舟谋便利。眼下她刚完成一次进化，急着把得来的生命全都用到方舟上，不想在神国上多费心思。于是乎，女娲召集了13神国的国君，宣布不再插手人间事务，但女娲需要时各国必须全力支持，否则会迎来“神裁”。13位国君欣喜不已，忙不迭的答应，他们朝思暮想的君权竟然如此简单的便得来，着实让他们意外。这次神与君的协定后，本就不多理会人间事物的女娲彻底撒手，13神国获得彻底的独立。之后两个神国间的战争也没能让她现身，放下心来人人间君王开始了兼并与攻伐。13神国的体制并没能维系很久，大陆迅速陷入了持久的动荡中，而超脱世外的女娲则完全投入到方舟的修复上。
神纪元780年，女娲暂时从方舟的修复中脱身，取得一些进展的她心情愉悦，少有的抽身关注了一下大陆。此时的大陆，曾经的13神国已经无一覆灭，旧大陆上涌现出许多新生的国度，就连不周山西侧和扶桑岛上都有了王国，魔道与机关术在各个王国获得了长足的发展。诸多的王国中，大陆东方的强国“商”，在年轻君王“纣”的带领下，凭借强大的机关术，开疆万里，被大陆所有君王尊为天下共主。而魔种这边居然也有了新情况，神明避世之后，魔种身上的束缚缺少了后续的支持，高速进化的魔种隐隐有失控的现象，人族虽然仍能奴役魔种，但魔种内部也是暗潮涌动。
女娲巡视了大陆，没能找到其他的神，果然是过去太久了么，祝融、伏羲和句芒他们应该都已经离开世间了，没能继续进化的他们熬不过五百年岁月的侵蚀。想到世上只剩下她一个外来者，不由地涌起些许伤感，伤心过后的女娲，便准备回身方舟，开启她的下一环计划。
但是年强有为的大陆君王纣，此时提出来一项破天荒的改革，意外的阻碍了女娲的进程。今日的大陆共主与昔日大陆至高的神，又将发生何种的碰撞。